New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1255843 | 197 (1.030) | 13 (0.080) | 11/138 | NT | 6.8% | intergenic (+59/+185) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1255864 | 189 (1.150) | intergenic (+80/+164) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
AAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTCAAAATGG > USA300TCH1516_ALE/1255774‑1255954 | aaaTTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGata > 2:2744555/1‑91 (MQ=255) aaaTTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGata > 1:2071102/1‑91 (MQ=255) aaTTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATAt < 1:3481738‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATAt < 2:508068‑M2/91‑2 (MQ=255) cGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATAtagat > 1:1627222‑M2/1‑86 (MQ=255) gTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATAtagatg < 2:800721‑M2/91‑7 (MQ=255) 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tgtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGt > 1:2162619/1‑91 (MQ=255) gtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTa < 1:3860634/91‑1 (MQ=255) gtatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTa > 1:1269383/1‑91 (MQ=255) tttgAGTCGAATTTGACTCATACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTaa > 2:2460988/3‑91 (MQ=39) tatgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTaa > 2:2419692/1‑91 (MQ=255) ttgAGTCGAATTTGACTCATACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTaaa > 2:1180225/2‑91 (MQ=255) atgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTaaa > 2:3647085/1‑91 (MQ=255) tgAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAg < 2:1940308/91‑1 (MQ=255) 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aaTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATaa > 1:1872853/1‑91 (MQ=255) aaTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATaa > 2:1366807/1‑91 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTa > 2:2646622/1‑80 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAAt < 1:1362565/91‑1 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAAt < 2:3339272/91‑1 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAAt > 1:1982424/1‑91 (MQ=255) aTTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAAt < 2:1118011/91‑1 (MQ=255) tCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGt > 1:663694/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |