| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682523 | 145 (0.760) | 34 (0.200) | 16/140 | NT | 21.5% | intergenic (‑268/+36) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682539 | 122 (0.730) | intergenic (‑284/+20) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATT > USA300TCH1516_ALE/1682449‑1682629 | tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg > 1:1689577/1‑91 (MQ=255)tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg < 2:1067069/91‑1 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt < 1:469367‑M2/91‑2 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt > 1:2489424‑M2/1‑90 (MQ=255) agtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaagccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGt > 2:3660938‑M1/65‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 1:783174‑M1/64‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 1:3697134‑M1/64‑91 (MQ=255) aaTTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgc > 2:1689577‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgc > 2:3683360‑M2/1‑88 (MQ=255) aatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCt < 2:1454078‑M1/30‑1 (MQ=255) aatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCt > 1:808292‑M1/62‑91 (MQ=255) aatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCt > 1:2288932‑M1/62‑91 (MQ=255) atcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCtt > 2:2924551‑M1/61‑91 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 1:2244799‑M2/91‑10 (MQ=255) aTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgctcgtttt > 2:3554011‑M2/1‑81 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc < 1:2676987/91‑1 (MQ=255) aaCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCa < 2:3358483/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 2:495818/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 2:1967768/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa < 1:2616072/91‑1 (MQ=255) tatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCA‑CTA‑‑‑T‑‑CGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTtata > 1:1532744‑M1/48‑91 (MQ=255) tatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCA‑CTA‑‑‑T‑‑CGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTtata > 1:3474124‑M1/48‑91 (MQ=255) tatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAt > 2:2304594/1‑91 (MQ=255) tatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAt < 1:1773016/91‑1 (MQ=255) ctcGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTtat > 1:2045064/1‑91 (MQ=255) tcGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTtata < 2:2743801/91‑1 (MQ=255) cagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTtata > 1:1454078‑M1/42‑91 (MQ=255) cGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATaa < 1:2541644/91‑1 (MQ=255) gAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAt < 2:1398518/91‑1 (MQ=255) gAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAt < 1:3246427/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAtt < 2:1248579/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTATTTTTTTTTTATGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt > 2:688206/1‑91 (MQ=255) ttCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGtttt > 1:578041/1‑91 (MQ=255) tctcTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtttttttacgttaagaaaaattaaaaa < 1:438749‑M2/91‑34 (MQ=255) tctcTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTg > 1:243787/1‑91 (MQ=255) ctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGtt > 2:1978503/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAg < 2:1306923/91‑1 (MQ=255) ttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaa < 1:3251015/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |