New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2091221 | 189 (0.990) | 10 (0.100) +TTTTATTTATTGTTGTAATTATGGTAATATGCAGAAG |
5/86 | NT | 9.2% | intergenic (‑455/+83) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2265802 | 181 (0.950) | intergenic (+665/+364) | USA300HOU_RS11590/hin_3 | hypothetical protein/DNA‑invertase hin |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
AGACATGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTGACA > USA300TCH1516_ALE/2265712‑2265892 | aGACATGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCa > 1:3160726/1‑91 (MQ=255) gACATGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaa < 1:738618/91‑1 (MQ=255) gACATGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaa > 1:11473/1‑91 (MQ=255) aTGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaataa < 2:349399/91‑1 (MQ=255) tGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaataaa > 2:2760586/1‑91 (MQ=255) tGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaataaa < 1:115252/91‑1 (MQ=255) gCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaataaat > 2:2562247/1‑91 (MQ=255) gCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaataaat > 1:1663286/1‑91 (MQ=255) cTAGTCCTTCCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCaataaata > 2:3004495/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAAtatt < 2:3205465/91‑1 (MQ=255) gTCCTTTTTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAAtatta < 2:3451641/91‑1 (MQ=255) tCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAAtattat < 2:129779/91‑1 (MQ=255) tCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAAtattat > 1:1224194/1‑91 (MQ=255) cTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATaa > 2:1387468/1‑91 (MQ=255) ttCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACa > 2:777515/1‑91 (MQ=255) ttCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACa < 2:3280932/91‑1 (MQ=255) ttCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACa < 2:354304/91‑1 (MQ=255) ttCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACa < 2:865864/91‑1 (MQ=255) tCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACAt < 2:934488/91‑1 (MQ=255) tCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACAt > 2:2276314/1‑91 (MQ=255) tCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACAt > 1:190471/1‑91 (MQ=255) cTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATg < 1:2055697/91‑1 (MQ=255) cTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATg < 1:826227/91‑1 (MQ=255) tAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGc < 1:661422/91‑1 (MQ=255) ggAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGcac < 1:1720118/91‑1 (MQ=255) aGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAGCTTGCTCATTAAATATTATAACATGCacac < 2:577430/91‑1 (MQ=255) aGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCacac < 1:469890/91‑1 (MQ=255) gTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACt > 1:2658057/1‑91 (MQ=255) caacTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTa > 2:2009418/1‑91 (MQ=255) acTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTaaa > 1:785256/1‑91 (MQ=255) acTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTaaa > 2:642329/1‑91 (MQ=255) acTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTaaa > 2:3645804/1‑91 (MQ=255) cTATAGCCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAAc < 2:3143746/91‑1 (MQ=255) ataACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAg < 1:3560405/91‑1 (MQ=255) ataACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAg < 1:2310891/91‑1 (MQ=255) ataACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAg < 2:2910350/91‑1 (MQ=255) aCCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTaa > 2:956647/1‑91 (MQ=255) aCCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTaa > 2:2055406/1‑91 (MQ=255) cATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAAtt > 2:1713295/1‑91 (MQ=255) aTAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTc < 2:504851/91‑1 (MQ=255) aTAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTc < 1:2890074/91‑1 (MQ=255) aTAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTc < 1:268294/91‑1 (MQ=255) cATCACCCCTTTATTAAGAGATTCGCCAACATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTAATAGt > 1:1667175/1‑91 (MQ=255) cATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGt < 2:1332598/91‑1 (MQ=255) aTCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGta < 2:2089658/91‑1 (MQ=255) cACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGtata > 2:414562/1‑91 (MQ=255) cACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGtata < 1:2569844/91‑1 (MQ=255) ccccTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAg > 1:2527310/1‑91 (MQ=255) ccTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGtt < 2:1089899/91‑1 (MQ=255) cTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGttt > 2:217598/1‑91 (MQ=255) ttattaAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGttttt > 1:3779463/1‑91 (MQ=255) attaAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTc < 1:3819873/91‑1 (MQ=255) attaAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTc < 2:1934874/91‑1 (MQ=255) ttaAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATCGTATAAGTTTTTTCa < 1:3307907/91‑1 (MQ=255) ttaAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCa < 2:3734798/91‑1 (MQ=255) ttaAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCa > 2:529232/1‑91 (MQ=255) taAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAt > 1:1785494/1‑91 (MQ=255) taAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAt > 1:2954168/1‑91 (MQ=255) taAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAt > 1:2592418/1‑91 (MQ=255) taAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAt < 1:2120203/91‑1 (MQ=255) aaGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAtt > 2:3006207/1‑91 (MQ=255) aaGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAtt > 2:1642886/1‑91 (MQ=255) aaGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAtt > 2:273307/1‑91 (MQ=255) aaGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCAtt > 1:2455417/1‑91 (MQ=255) agaTTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCt < 2:2527310/91‑1 (MQ=255) agaTTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCt > 1:1072761/1‑91 (MQ=255) agaTTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCt > 1:1009023/1‑91 (MQ=255) agatagcCACCATCTATCCAACTTGCTCActtctgcatattaccataattacaacaataaataaaaagtcagtgcttcggtactgactttt > 1:1015847‑M2/4‑29 (MQ=255) aTTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATGTCTTa > 2:3585091/1‑91 (MQ=255) ttAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAGACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTac > 2:3841689/1‑90 (MQ=255) ttAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTaa < 2:1530013/91‑1 (MQ=255) ttAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTaa < 2:1501479/91‑1 (MQ=255) ataGCCACCATCTATCCAACTTGCTCActtcggcatattaccatgattacaacgatagataaaaagtcagtgcttcggtactgacttttta > 1:3102739‑M2/2‑27 (MQ=255) tAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCActtctgcatattaccataattacaacaataaataaaaagtcagtgcttcggtactgactttttat > 1:624319‑M2/1‑26 (MQ=255) tAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAAt < 1:528427/91‑1 (MQ=255) aGCCACCATCTATCCAACTTGCTCActtctgcatattaccataattacaacaataaataaaaagtcagtgcttcggtactgactttttatt > 1:2010879‑M2/1‑25 (MQ=255) aGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATc > 1:3759353/1‑91 (MQ=255) gCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCa < 2:3494730/91‑1 (MQ=255) ccaccaTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCaa < 1:2319596/91‑1 (MQ=255) caccaTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAAc < 1:3545628/91‑1 (MQ=255) accaTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACt < 2:77294/91‑1 (MQ=255) ccaTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATg < 2:232931/37‑1 (MQ=255) ccaTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTc < 2:3628043/91‑1 (MQ=255) caTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCg < 1:1248043/91‑1 (MQ=255) aTCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGa < 1:1750099/91‑1 (MQ=255) tATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATaa < 2:3766394/91‑1 (MQ=255) aTCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATaaa < 2:1230077/91‑1 (MQ=255) tCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGa > 1:3729879/1‑86 (MQ=255) ccAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACa < 2:1091659/91‑1 (MQ=255) ccAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACa > 2:2646565/1‑91 (MQ=255) tGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAg > 1:1500573/1‑91 (MQ=255) gCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGt < 2:2598291/91‑1 (MQ=255) gCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGt > 1:626266/1‑91 (MQ=255) cTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTg > 1:953727/1‑91 (MQ=255) cTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTg > 2:2846551/1‑91 (MQ=255) cTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTg > 1:1408242/1‑91 (MQ=255) tCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTGa < 2:1666904/91‑1 (MQ=255) aataaataTTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTGACa < 1:2355288/91‑1 (MQ=255) aataaataTTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTGACa < 1:2009418/91‑1 (MQ=255) aataaataTTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTGACa < 1:1048056/91‑1 (MQ=255) | AGACATGCTAGTCCTTTCTAGGAGTAACAACTATAACCATAGGCATCACCCCTTTATTAAGAGATTAGCCACCATCTATCCAACTTGCTCAATAAATATTATAACATGCACACTTTTAAACAGTAATTCATAGTATAAGTTTTTTCATTTCTTAATCAACTCGATAAACAGTTGAGTGACA > USA300TCH1516_ALE/2265712‑2265892 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |