| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 536,876 | T→C | 5.2% | intergenic (+69/‑242) | rplY → / → pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 536,876 | 0 | T | C | 5.2% | 735.1 / 19.7 | 228 | intergenic (+69/‑242) | rplY/pth | 50S ribosomal protein L25/Peptidyl‑tRNA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (114/102); new base C (9/3); total (123/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |