| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 576,902 | T→A | 5.6% | intergenic (+325/‑65) | gltX → / → cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 576,902 | 0 | T | A | 5.6% | 645.5 / 18.0 | 191 | intergenic (+325/‑65) | gltX/cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/101); new base A (2/9); total (81/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
AGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTG > USA300TCH1516_ALE/576812‑576991 | aGTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCct > 1:1198428/1‑91 (MQ=255) gTTGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCctc > 2:2101829/1‑91 (MQ=255) tGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTa < 2:1291998/91‑1 (MQ=255) tGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTa > 2:3562684/1‑91 (MQ=255) tGACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTa < 1:1887093/91‑1 (MQ=255) gACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTaa > 2:545438/1‑91 (MQ=255) gACTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTaa > 1:3182319/1‑91 (MQ=255) aCTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAc < 1:2798776/91‑1 (MQ=255) cTTAGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACa < 2:897215/91‑1 (MQ=255) aGTTTCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATa > 1:3592943/1‑91 (MQ=255) tttCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACa > 1:822351/1‑91 (MQ=255) ttCCTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACaa < 1:3722690/91‑1 (MQ=255) cTTGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACtt < 1:3836040/91‑1 (MQ=255) ttGATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGt > 1:1179764/1‑91 (MQ=38) 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tAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑Tg < 2:1122907/91‑1 (MQ=255) ttGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAg > 1:308843/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTT‑TGTTAgt > 1:1943570/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACGTGTA‑TGTTAgt < 2:482053/91‑1 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAga < 1:1035340/91‑2 (MQ=25) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg < 1:255445/91‑1 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTTGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAgaggc < 1:2419721/91‑5 (MQ=18) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggt > 1:2895973/1‑91 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAgaggc < 1:363549/91‑5 (MQ=21) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAgaggc < 1:921732/91‑5 (MQ=21) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg < 2:643553/91‑1 (MQ=255) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg > 1:3212963/1‑91 (MQ=255) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg > 2:1367473/1‑91 (MQ=255) gcgcCAGCAATATTATTAATGTTATGTGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGc < 2:3359810/91‑1 (MQ=255) cgcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCt > 2:2025188/1‑91 (MQ=255) gcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtt > 2:1997690/1‑91 (MQ=255) 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atatTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGat < 2:2160939/91‑1 (MQ=255) attattAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGatat < 1:2817584/91‑1 (MQ=255) ttattaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATAtt > 2:2262904/1‑91 (MQ=255) attaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTa < 1:1438081/91‑1 (MQ=255) aatgtATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCAAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 2:3181888/87‑1 (MQ=255) tGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc > 1:70002/1‑91 (MQ=255) tGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc < 1:1997418/91‑1 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg > 2:3109855/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |