| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 593,433 | T→A | 7.4% | intergenic (+25/‑112) | rpoC → / → rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 593,433 | 0 | T | A | 7.4% | 738.1 / 35.2 | 226 | intergenic (+25/‑112) | rpoC/rplGB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta'/Ribosome‑associated protein L7Ae‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/93); new base A (6/11); total (122/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAGCCTCTTGTTATTTTTATGTAAATTATTTGATTTAATGTTGACGAATTCTCTTGTTCAATGTTAATATATTAAAGGTTGATGCAAGC > USA300TCH1516_ALE/593343‑593523 | gTAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCt > 1:384651/1‑91 (MQ=255) tAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCtt < 2:2424735/91‑1 (MQ=255) tAAAATACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCtt < 2:3214933/91‑1 (MQ=255) aaaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTa > 1:2185580/1‑91 (MQ=255) aaaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTa > 1:2922654/1‑91 (MQ=255) aaTACGAAAAAACAGCTAAACCAGTTGCAGAAGTTGAATCTCAAACTGAAGTAACGGAATAACAAGTATATAAC‑AGAGGCTAATGCTTTAg < 2:3194027/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |