| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 594,887 | T→A | 5.8% | intergenic (+41/‑82) | rpsG → / → fusA | 30S ribosomal protein S7/Elongation factor G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 594,887 | 0 | T | A | 5.8% | 681.2 / 22.0 | 204 | intergenic (+41/‑82) | rpsG/fusA | 30S ribosomal protein S7/Elongation factor G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (98/93); new base A (5/7); total (104/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CTCACAAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAACTGGAAGGAGAAAAAATACATGGCTAGA > USA300TCH1516_ALE/594797‑594977 | cacaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAttt < 2:3228634/91‑1 (MQ=255) cacaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAttt > 1:987587/1‑91 (MQ=255) acaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAtttt > 2:1911753/1‑91 (MQ=255) caAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTc > 2:747635/1‑91 (MQ=255) caAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTc < 2:2070107/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCa < 2:1702764/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAAAGAATTTTCa > 1:3709105/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCAt < 2:1961139/91‑1 (MQ=255) aaTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTATCAtt > 2:3146736/1‑91 (MQ=255) aTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGTTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAAATTCATTa < 2:41304/91‑1 (MQ=255) aTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTa < 2:3349661/91‑1 (MQ=255) aTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTa < 2:199530/91‑1 (MQ=255) aTGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAAATTCATTa < 1:2602361/91‑1 (MQ=255) tGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAAATTCATTaa < 1:3762667/91‑1 (MQ=255) 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aaGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTc < 2:532529/91‑1 (MQ=255) caaacaaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGGTAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATg < 1:3450676/91‑1 (MQ=255) acaaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCtt > 2:1076984/1‑91 (MQ=255) acaaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCtt < 1:228434/91‑1 (MQ=255) acaaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCtt < 1:2005128/91‑1 (MQ=255) caaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTa > 1:776265/1‑91 (MQ=255) aaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAg < 1:453603/91‑1 (MQ=255) aaaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAg < 1:1329069/91‑1 (MQ=255) aaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAgg > 2:119101/1‑91 (MQ=255) aaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAgg < 1:241088/91‑1 (MQ=255) aaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAgg > 2:3529913/1‑91 (MQ=255) aaGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAgg < 1:1305948/91‑1 (MQ=255) aGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAggg > 2:1582106/1‑91 (MQ=255) aGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAggg < 1:3021605/91‑1 (MQ=255) aGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAggg > 2:2603227/1‑91 (MQ=255) gCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGc > 1:1175523/1‑91 (MQ=255) 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tttACCCTGAGTATGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTCGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAAtata > 1:799150/1‑91 (MQ=255) ttACCCTGAGTGTGCTCTATATTAATGAACTTTCTCGCAGCGGTCATTCTTAGGGCATCGCTATATCTATCGTAATTATTCAGTAatgtta > 1:1770796/1‑87 (MQ=255) tACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATaaa > 1:3093036/1‑91 (MQ=255) aCCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAAc < 2:2699463/91‑1 (MQ=255) aCCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAAc < 2:2698141/91‑1 (MQ=255) aCCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAAc < 1:1100954/91‑1 (MQ=255) cccTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAACt > 1:2309196/1‑91 (MQ=255) cccTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAACt < 2:2604134/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |