| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 594,888 | T→A | 5.7% | intergenic (+42/‑81) | rpsG → / → fusA | 30S ribosomal protein S7/Elongation factor G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 594,888 | 0 | T | A | 5.7% | 689.8 / 21.6 | 204 | intergenic (+42/‑81) | rpsG/fusA | 30S ribosomal protein S7/Elongation factor G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (99/93); new base A (5/7); total (104/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CACAAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTCATTAAGCGTTCATGCTTAGGGCATCGCCATATCTATCGTATTTATTCAGTAATATAAACTGGAAGGAGAAAAAATACATGGCTAGAG > USA300TCH1516_ALE/594799‑594978 | cacaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAttt < 2:3228634/91‑1 (MQ=255)cacaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAttt > 1:987587/1‑91 (MQ=255)cacaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAttt > 1:2742208/1‑91 (MQ=255) acaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAtttt > 2:2689552/1‑91 (MQ=255) acaAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAAtttt > 2:1911753/1‑91 (MQ=255) caAAATGGCTGAAGCAAACAAAGCATTTGCTCACTACCGTTGGTAAGATAAAAGCTTTTACCCTGAGTGTGTTCTATATTAATGAATTTTc > 2:747635/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |