| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 597,160 | G→T | 5.4% | intergenic (+110/‑107) | fusA → / → tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 597,160 | 0 | G | T | 5.4% | 706.5 / 23.5 | 202 | intergenic (+110/‑107) | fusA/tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/105); new base T (4/7); total (90/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CTAGCCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAA > USA300TCH1516_ALE/597070‑597250 | ctagcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTg < 2:241256/91‑1 (MQ=255) tagcCTAGGTTAAAATACAATGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGt > 2:1313612/1‑91 (MQ=255) tagcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGt > 2:57371/1‑91 (MQ=255) agcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTa > 1:104892/1‑91 (MQ=255) gcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaa < 2:1717133/91‑1 (MQ=255) ccTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaaa > 2:1909610/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |