| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 597,163 | A→C | 5.6% | intergenic (+113/‑104) | fusA → / → tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 597,163 | 0 | A | C | 5.6% | 648.1 / 24.2 | 194 | intergenic (+113/‑104) | fusA/tuf | Elongation factor G/Elongation factor Tu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/100); new base C (4/7); total (87/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
AGCCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAATTCTTTTTGCATCGCTATAAATAATTTCTCATGATGGTGAGAAACTATCATGAGAGATAAATTTAAATATTATTTTTAATTAGAATAG > USA300TCH1516_ALE/597072‑597253 | gcCTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaa < 2:1717133/91‑1 (MQ=255) ccTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaaa > 2:1909574/1‑91 (MQ=255) cTAGGTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTaaaa < 1:2200086/91‑1 (MQ=255) aGGCTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTGTAAAAtt < 1:3128625/91‑1 (MQ=255) ggTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTc < 1:2727469/91‑1 (MQ=255) gTTAAAATACAAGGTGAGCTTAAATGTAAGCTATCATCTTTATAGTTTGATTTTTTGGGGTGAATGCATTATAAAAGAATTTTACAATTCt < 1:885847/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |