Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 3,353 | A→C | 5.9% | intergenic (+37/‑353) | dnaN → / → USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 3,353 | 0 | A | C | 5.9% | 741.8 / 27.8 | 220 | intergenic (+37/‑353) | dnaN/USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/88); new base C (9/4); total (128/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCA > USA300TCH1516_ALE/3263‑3443 | ccAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑a > 2:3346584/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa > 1:3204778/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa > 2:2258715/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTaa‑aa > 1:1564962/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AAc > 2:3017895/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 1:3856435/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 2:143917/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 1:1754546/1‑91 (MQ=255) aGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATACATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTc > 2:3506130/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 2:2150731/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 2:2241031/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 2:2828309/1‑91 (MQ=255) gTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCAt > 1:2539503/1‑91 (MQ=255) tGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATc > 1:3825898/1‑91 (MQ=255) gacgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATcc > 2:1545437/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 1:927745/91‑1 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATAAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 2:1173415/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt > 2:3559367/1‑91 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 1:874030/91‑1 (MQ=255) gacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGACCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCttt < 1:1179703/91‑1 (MQ=255) acTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTa > 2:1023495/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑ttt < 2:548151/91‑1 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑ttt > 2:780857/1‑91 (MQ=255) tAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑tttttt < 1:1711303/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACGAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTgg < 2:3707865/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTgg < 2:1670047/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTgg > 1:2658878/1‑91 (MQ=255) cGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGc < 1:1949216/91‑1 (MQ=255) cAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCaa > 2:1568647/1‑91 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCaaaa < 1:413603/91‑1 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCaaaa > 1:111598/1‑91 (MQ=255) ttaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCaaaaa > 1:2713363/1‑91 (MQ=255) tttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAAtt > 1:2885187/1‑91 (MQ=255) tttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAAtt > 1:1220212/1‑91 (MQ=255) tttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAAtt > 1:2218954/1‑91 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 1:2822517/67‑1 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTa < 2:490857/91‑1 (MQ=255) ccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAg < 2:921760/91‑1 (MQ=255) ccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAg > 2:1117063/1‑91 (MQ=255) ccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAg < 2:1156657/91‑1 (MQ=255) aTCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTg > 2:440152/1‑91 (MQ=255) tCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGc > 1:1195786/1‑91 (MQ=255) cAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCg < 1:2615323/91‑1 (MQ=255) cAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCg < 1:2868412/91‑1 (MQ=255) aaaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTa < 2:2367638/90‑1 (MQ=255) aaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTa < 1:1859494/82‑1 (MQ=255) aaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTa > 2:3817704/1‑82 (MQ=255) aaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTa > 2:1859494/1‑82 (MQ=255) aaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTAt > 1:55307/1‑91 (MQ=255) ttACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTa < 1:780857/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaa > 1:2226467/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaa < 1:2481248/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaa < 2:2072805/91‑1 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa > 1:315520/1‑91 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa < 2:2435892/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaata < 1:2125397/91‑1 (MQ=255) aaataaatATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataaa > 1:1335029/1‑91 (MQ=255) aaataaatATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataaa > 2:3774136/1‑91 (MQ=255) aataaataTAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataaat > 1:1443669/1‑91 (MQ=255) ataaatataaatAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAtt > 1:2058033/1‑91 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 1:2423620/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 1:344949/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg > 2:857803/1‑91 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa < 2:2864121/79‑1 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc > 1:3576866/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 2:1345408/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:2012408/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:1973675/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATACTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 2:169689/1‑91 (MQ=255) aataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAt > 2:2704723/1‑91 (MQ=255) aataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAt < 1:666641/91‑1 (MQ=255) aataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAt > 1:2305382/1‑91 (MQ=255) taaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATCTAAAATAAATTTGGCACCAttt > 2:3136154/1‑91 (MQ=255) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 2:1163165/1‑91 (MQ=25) aGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaa < 2:2549406/91‑1 (MQ=255) aGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaa < 2:909137/91‑1 (MQ=255) aCGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgca < 2:3751190/76‑1 (MQ=255) cGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaa > 1:2938491/1‑91 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa > 2:2206813/1‑91 (MQ=255) gTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa < 1:1122632/91‑1 (MQ=255) tGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAAt > 2:3698802/1‑91 (MQ=255) gATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATa < 1:3698802/91‑1 (MQ=255) gATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATa < 1:3802731/91‑1 (MQ=255) gATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATa > 1:3067461/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:22037/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:21822/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:3637291/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 1:100595/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:880536/1‑91 (MQ=255) ttaattaa‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaaa > 2:1746034/1‑91 (MQ=255) aattaa‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAg > 2:121390/1‑91 (MQ=255) attaa‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGa > 2:1690399/1‑91 (MQ=255) tta‑aaCCTTATCCTTTATTTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGAc < 2:3176437/89‑1 (MQ=255) taa‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACg < 1:2345283/91‑1 (MQ=255) taa‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACg > 2:1607338/1‑91 (MQ=255) a‑aaCGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGcc > 2:2810696/1‑91 (MQ=255) a‑aaCGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGcc < 2:1294104/91‑1 (MQ=255) aaCGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCa < 1:595501/91‑1 (MQ=255) aaCGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCa < 1:2775687/91‑1 (MQ=255) aaCGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCa < 1:2773753/91‑1 (MQ=255) | CCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑TTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCCA > USA300TCH1516_ALE/3263‑3443 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |