| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 598,495 | C→T | 5.8% | intergenic (+44/+238) | tuf → / ← yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 598,495 | 0 | C | T | 5.8% | 852.6 / 25.5 | 258 | intergenic (+44/+238) | tuf/yxeP_2 | Elongation factor Tu/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (123/120); new base T (9/6); total (132/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GTGGACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAGGGGTCTT‑TTTTTAATGTGTAAATTTTGTAATGGCTATTCGATTTAGAAGAACAATAATTGATGAAAGACTGACTAATAAAACTTATA > USA300TCH1516_ALE/598405‑598585 | gACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAg < 2:2489543/91‑1 (MQ=255) gACGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAg < 1:985852/91‑1 (MQ=255) aCGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgg < 2:2217482/91‑1 (MQ=255) aCGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAgg < 2:1486055/91‑1 (MQ=255) cGTACTGTAGGATCAGGCGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAAGAAGATCCCTCAATCGAggg < 1:1986982/91‑1 (MQ=255) gTACTGTAGGATCAGGTGTTGTTACTGAAATCATTAAATAATTTCTAATTTCTTAGATTTTATATAAAAA‑AAGACCCCTCGATTGAgggat < 2:653018/91‑3 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |