| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,620 | T→C | 5.8% | intergenic (+246/‑256) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,620 | 0 | T | C | 5.8% | 675.9 / 20.7 | 207 | intergenic (+246/‑256) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/84); new base C (5/7); total (116/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTA > USA300TCH1516_ALE/631530‑631710 | tttttGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCat > 2:3409686/1‑91 (MQ=255) ttttGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCata > 1:652689/1‑91 (MQ=255) ttttGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCata < 1:1486049/91‑1 (MQ=255) ttttGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCata < 2:3859463/91‑1 (MQ=255) tttGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCatat > 2:599307/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATATGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCa > 1:389632/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |