| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,623 | C→A | 5.2% | intergenic (+249/‑253) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,623 | 0 | C | A | 5.2% | 747.3 / 23.4 | 214 | intergenic (+249/‑253) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/88); new base A (4/7); total (119/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/631533‑631713 | ttGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATc < 2:3157474/91‑1 (MQ=255) tGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATATGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCa > 1:389632/1‑91 (MQ=255) gTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCAc < 1:3197915/91‑1 (MQ=255) gTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCAc < 1:1267721/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTa < 2:3681514/91‑1 (MQ=255) aataaatTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACa < 2:424669/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |