| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 659,372 | T→G | 9.4% | intergenic (+178/‑734) | USA300TCH1516_00590 → / → USA300HOU_RS03165 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 659,372 | 0 | T | G | 9.4% | 797.4 / 53.1 | 249 | intergenic (+178/‑734) | USA300TCH1516_00590/USA300HOU_RS03165 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (110/115); new base G (11/13); total (121/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
TACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGAT > USA300TCH1516_ALE/659282‑659462 | tACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATtttttattttt > 1:1924819/1‑91 (MQ=255) cGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTttttatttttat > 2:1527772/1‑91 (MQ=255) cGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTttttatttttat > 1:413901/1‑91 (MQ=255) cGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTttttatttttat > 1:1386231/1‑91 (MQ=255) ggTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATc > 2:778772/1‑91 (MQ=255) ggTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATc > 1:571647/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |