| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 659,375 | C→A | 7.3% | intergenic (+181/‑731) | USA300TCH1516_00590 → / → USA300HOU_RS03165 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 659,375 | 0 | C | A | 7.3% | 946.7 / 43.9 | 281 | intergenic (+181/‑731) | USA300TCH1516_00590/USA300HOU_RS03165 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/137); new base A (11/11); total (133/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |