| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 695,604 | C→T | 5.5% | Q51* (CAA→TAA) | xerD_2 → | Tyrosine recombinase XerD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 695,604 | 0 | C | T | 5.5% | 654.9 / 15.5 | 201 | Q51* (CAA→TAA) | xerD_2 | Tyrosine recombinase XerD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/95); new base T (8/4); total (102/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AAGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAT > USA300TCH1516_ALE/695514‑695694 | aaGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGtctctc > 2:913146/1‑91 (MQ=255)aaGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGtctctc > 2:2040650/1‑91 (MQ=255)aaGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGtctctc < 1:2676197/91‑1 (MQ=255)aaGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGtctctc < 2:3012108/91‑1 (MQ=255)aaGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGtctctc < 2:3725464/91‑1 (MQ=255) aGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCa > 2:1724385/1‑91 (MQ=255) gATTAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTTTCaa < 1:3059913/91‑1 (MQ=255) gATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCaa > 1:1684976/1‑91 (MQ=255) aTAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAg < 1:2766735/91‑1 (MQ=255) aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATTAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa < 2:2049605/91‑1 (MQ=255) aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa > 1:1953755/1‑91 (MQ=255) aTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAag > 2:2112593/1‑91 (MQ=255) tCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAaga > 1:947365/1‑91 (MQ=255) tCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAaga > 2:1037405/1‑91 (MQ=255) tCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAaga < 1:3718533/91‑1 (MQ=255) cTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAagag > 2:3035902/1‑91 (MQ=255) cTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAagag < 2:451187/91‑1 (MQ=255) tGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAgaga > 1:1260222/1‑91 (MQ=255) gAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGAc < 1:2159165/91‑1 (MQ=255) aaCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACt < 1:3464743/91‑1 (MQ=255) aaCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACt > 1:250238/1‑91 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTTAACTTGAGAGACtg < 2:3074157/91‑2 (MQ=255) cGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTaa > 2:634100/1‑91 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTTAACTTGAGAGACtgta < 1:2450569/91‑4 (MQ=38) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt < 2:1566722/91‑1 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt < 2:1348757/91‑1 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt > 1:8370/1‑91 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTATGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:3319875/91‑1 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTAGGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:3318876/91‑1 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1963594/91‑1 (MQ=255) gACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTg < 1:1492477/91‑1 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa > 1:2703312/1‑91 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa < 1:749316/91‑1 (MQ=255) atttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaaaa < 2:1249051/91‑1 (MQ=255) ttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgt < 1:3670497/91‑1 (MQ=255) tattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtg < 2:548578/91‑1 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt < 2:2631595/91‑1 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt < 2:1082954/91‑1 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt < 2:1815374/91‑1 (MQ=255) ttCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTa < 2:320787/91‑1 (MQ=255) tCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTAc > 1:1039397/1‑91 (MQ=255) tttAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGt > 2:2135981/1‑91 (MQ=255) ttAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGtt < 2:106412/91‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTa > 2:3633653/1‑91 (MQ=255) tAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTa > 2:158160/1‑91 (MQ=255) aaGTTAGCTACACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTAt < 1:2553964/91‑1 (MQ=255) ttAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAg > 2:1303459/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAg < 2:3000126/91‑1 (MQ=255) gCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGaaa > 1:1061530/1‑91 (MQ=255) aCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCCAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTAATCAGAAATgtgt > 1:3875010/1‑91 (MQ=255) aCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATgtgt > 2:2810711/1‑91 (MQ=255) cATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTa > 2:3586645/1‑91 (MQ=255) tAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTaaa < 1:1205982/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGc < 1:2636041/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGc < 1:515585/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGc < 2:1602821/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGCAAAGc > 2:3138172/1‑91 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca < 2:505869/91‑1 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca < 2:3417894/91‑1 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca > 1:1578284/1‑91 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca < 1:1305044/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAttt < 1:1075491/91‑1 (MQ=255) gAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAtttt < 1:175651/91‑1 (MQ=255) aaaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAttatg > 1:873294/1‑88 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1593462/50‑1 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt > 2:1593553/1‑50 (MQ=255) aGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCAt < 1:2085709/91‑1 (MQ=255) gTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCAtt < 2:3818039/91‑1 (MQ=255) tATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTc > 2:3490696/1‑91 (MQ=255) tATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTc > 2:442902/1‑91 (MQ=255) tCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGt > 1:2438976/1‑91 (MQ=255) tCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGt < 2:2239352/91‑1 (MQ=255) cAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGtt < 2:1233784/91‑1 (MQ=255) gAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGa < 1:3620761/91‑1 (MQ=255) gAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGa > 1:280423/1‑91 (MQ=255) gAATTATAAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGAGTAACTGAAAAATGTACGTTATCAGAAATGACTAAAGCACGTTTTCATTCGTTGa > 2:3606485/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 2:872110/91‑1 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt > 1:612088/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt > 1:2940577/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 1:1168360/91‑1 (MQ=255) attattAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt > 1:1011658/1‑91 (MQ=255) ttattaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTa < 2:888798/91‑1 (MQ=255) tattaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaa > 1:3236495/1‑91 (MQ=255) tattaACAATTACAGACTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaa < 2:2392358/91‑1 (MQ=255) ttaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaaa < 2:2732890/91‑1 (MQ=255) aCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTa > 1:3329566/1‑91 (MQ=255) aaTTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAgg < 1:1138256/91‑1 (MQ=255) tACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTa > 2:1371893/1‑91 (MQ=255) taGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAATGTGTACGTCAGCCGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATGAAAATTAGGTTAcc > 2:2100521/2‑91 (MQ=255) aGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa > 1:1201741/1‑91 (MQ=255) aGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa > 1:1349828/1‑91 (MQ=255) aGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa < 1:678562/91‑1 (MQ=255) gTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg > 1:225059/1‑91 (MQ=255) gTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg < 1:1633350/91‑1 (MQ=255) gTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg > 2:3758963/1‑91 (MQ=255) ctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAAc > 1:2541576/1‑91 (MQ=255) tcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACa < 1:2175122/91‑1 (MQ=255) tcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACa < 1:658702/91‑1 (MQ=255) cAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAt > 2:1445712/1‑91 (MQ=255) cAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAt > 1:904300/1‑91 (MQ=255) | AAGATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAT > USA300TCH1516_ALE/695514‑695694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |