| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 695,607 | G→C | 5.4% | V52L (GTT→CTT) | xerD_2 → | Tyrosine recombinase XerD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 695,607 | 0 | G | C | 5.4% | 718.7 / 19.8 | 204 | V52L (GTT→CTT) | xerD_2 | Tyrosine recombinase XerD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/97); new base C (7/4); total (102/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
ATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTAT > USA300TCH1516_ALE/695517‑695697 | aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATTAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa < 2:2049605/91‑1 (MQ=255) aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa > 1:1953755/1‑91 (MQ=255) aTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAag > 2:2112593/1‑91 (MQ=255) tCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAaga > 1:947398/1‑91 (MQ=255) cTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAagag < 2:451154/91‑1 (MQ=255) cTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAagag > 2:3035902/1‑91 (MQ=255) tGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAgaga > 2:715283/1‑91 (MQ=255) tGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAgaga > 2:1863476/1‑91 (MQ=255) gAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGAc < 1:2159165/91‑1 (MQ=255) gAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGAc < 1:3653745/91‑1 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTTAACTTGAGAGACtg < 2:3074157/91‑2 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTa > 2:896562/1‑91 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTa > 2:599301/1‑91 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTTAACTTGAGAGACtgta < 1:2450569/91‑4 (MQ=38) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt < 2:1348757/91‑1 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt > 1:8370/1‑91 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTATGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:3319875/91‑1 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1963594/91‑1 (MQ=255) gACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTg < 1:1492477/91‑1 (MQ=255) aCTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGa < 1:2208358/91‑1 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa > 1:2703313/1‑91 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa < 1:749316/91‑1 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa < 2:3443797/91‑1 (MQ=255) atttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaaaa < 2:1249051/91‑1 (MQ=255) atttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaaaa > 1:1736484/1‑91 (MQ=255) ttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgt > 1:2529237/1‑91 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt > 2:3566612/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTa < 2:320787/91‑1 (MQ=255) ttCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTa > 1:1538433/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTa > 1:3846451/1‑91 (MQ=255) tCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTAc > 1:1039397/1‑91 (MQ=255) tCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTAc > 1:3445817/1‑91 (MQ=255) tttAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGt > 2:2135981/1‑91 (MQ=255) ttAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGtt < 2:106412/91‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTa > 2:3633653/1‑91 (MQ=255) tAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTa > 1:2570773/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAg > 2:1303459/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAg > 2:3350818/1‑91 (MQ=255) tAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGa < 2:155647/91‑1 (MQ=255) gCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGaaa > 1:920727/1‑91 (MQ=255) gCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGaaa > 1:1061530/1‑91 (MQ=255) tataCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTTAAGTTTAGCGTCTACTTGAAAAGTGTACGTTATCAGCAAtg > 1:3239419/1‑91 (MQ=255) aCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAAtgtgc < 2:3875095/91‑2 (MQ=255) aCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATgtgt > 2:2810711/1‑91 (MQ=255) cATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTa > 2:3586897/1‑91 (MQ=255) tAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTaaa < 1:1205957/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGc < 1:2636041/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGc < 1:515585/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGc < 2:1602821/91‑1 (MQ=255) gTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGCAAAGc > 2:3138172/1‑91 (MQ=255) tGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGca < 1:1915822/91‑1 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca > 1:1578547/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAtt < 1:3696895/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAttt < 1:1075491/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAttt > 1:3199251/1‑91 (MQ=255) gAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAtttt < 2:482125/91‑1 (MQ=255) aaaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTGATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTc < 2:2999327/91‑1 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt > 2:1593462/1‑50 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1593553/50‑1 (MQ=255) aGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCAt < 1:2085709/91‑1 (MQ=255) aGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCAt > 1:2693894/1‑91 (MQ=255) gTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCAtt < 2:3818022/91‑1 (MQ=255) tCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGt > 1:2438976/1‑91 (MQ=255) tCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGt < 1:1257280/91‑1 (MQ=255) cAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGtt < 2:1233784/91‑1 (MQ=255) gAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGa < 2:1568198/91‑1 (MQ=255) gAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGa > 1:280423/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 1:1168834/91‑1 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 1:1168360/91‑1 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt > 1:612088/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt > 1:2940577/1‑91 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 2:872123/91‑1 (MQ=255) attattAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt > 1:2288342/1‑91 (MQ=255) attattAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt > 1:1011658/1‑91 (MQ=255) attatcAACAATTACAGTCTCTCAATTTAAGAGACTAATGGAAAAGTGTACGTGATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt < 1:3606485/91‑1 (MQ=255) ttaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaaa < 1:902973/91‑1 (MQ=255) ttaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaaa < 2:1768684/91‑1 (MQ=255) aaCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAAtt < 2:2667215/91‑1 (MQ=255) aaCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAAtt < 2:300196/91‑1 (MQ=255) aCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTa > 2:2184742/1‑91 (MQ=255) aCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTa > 1:3329566/1‑91 (MQ=255) cAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAg < 1:1273323/91‑1 (MQ=255) cAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAg > 2:2532591/1‑91 (MQ=255) aaTTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAgg < 1:1138256/91‑1 (MQ=255) tACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTa > 2:1371893/1‑91 (MQ=255) taGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAATGTGTACGTCAGCCGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATGAAAATTAGGTTAcc > 2:2100521/2‑91 (MQ=255) aGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa > 1:1349828/1‑91 (MQ=255) aGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa < 1:678562/91‑1 (MQ=255) aGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa > 2:3722566/1‑91 (MQ=255) gTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg < 1:2494898/91‑1 (MQ=255) gTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg > 2:1138315/1‑91 (MQ=255) tctctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGa < 1:867879/91‑1 (MQ=255) ctctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAAAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGaa < 2:54700/91‑1 (MQ=255) ctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAAc > 1:2541831/1‑91 (MQ=255) tcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACa < 1:2175122/91‑1 (MQ=255) tcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACa < 1:658702/91‑1 (MQ=255) cAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAt > 2:2273296/1‑91 (MQ=255) cAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAt > 2:1445712/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTa < 1:528320/91‑1 (MQ=255) aGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTa > 1:134338/1‑91 (MQ=255) | ATAAAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTAT > USA300TCH1516_ALE/695517‑695697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |