| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 695,610 | A→G | 5.3% | K53E (AAG→GAG) | xerD_2 → | Tyrosine recombinase XerD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 695,610 | 0 | A | G | 5.3% | 659.7 / 17.4 | 206 | K53E (AAG→GAG) | xerD_2 | Tyrosine recombinase XerD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/100); new base G (7/4); total (102/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTATCGA > USA300TCH1516_ALE/695520‑695700 | aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATTAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa < 2:2049605/91‑1 (MQ=255)aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa > 1:2651434/1‑91 (MQ=255)aaaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTa > 1:490641/1‑91 (MQ=255) aaTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTaa > 1:296423/1‑91 (MQ=255) aTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAag < 2:3207596/91‑1 (MQ=255) aTCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAag > 2:2112593/1‑91 (MQ=255) tCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAaga > 1:947398/1‑91 (MQ=255) cTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAagag < 2:451154/91‑1 (MQ=255) cTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAagag > 2:3035901/1‑91 (MQ=255) tGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAgaga > 2:715283/1‑91 (MQ=255) tGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAgaga > 1:1348757/1‑91 (MQ=255) tGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAgaga > 2:1863476/1‑91 (MQ=255) aaCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACt > 1:250238/1‑91 (MQ=255) aaCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACt < 1:3464743/91‑1 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATTAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTTAACTTGAGAGACtg < 2:3075710/91‑2 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTa > 2:599301/1‑91 (MQ=255) aCGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTa > 2:896562/1‑91 (MQ=255) cGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTaa > 2:306127/1‑91 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt > 2:1057745/1‑91 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt < 2:1348757/91‑1 (MQ=255) gTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAt > 1:8370/1‑91 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTAGGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:3318876/91‑1 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1963582/91‑1 (MQ=255) tGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1974402/91‑1 (MQ=255) gACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTg < 1:1492477/91‑1 (MQ=255) aCTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGa < 1:3326819/91‑1 (MQ=255) aCTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGa < 1:2208358/91‑1 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa < 2:3443797/91‑1 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa > 2:1593747/1‑91 (MQ=255) cTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaa > 1:2703312/1‑91 (MQ=255) atttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaaaa < 2:1248424/91‑1 (MQ=255) atttattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGaaaa > 1:1736484/1‑91 (MQ=255) tattCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtg < 1:215304/91‑1 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt < 2:1082954/91‑1 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt < 2:2631595/91‑1 (MQ=255) attCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAgtgt > 2:3566612/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTa > 1:1538433/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTa > 1:3846451/1‑91 (MQ=255) tCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTAc > 1:1039397/1‑91 (MQ=255) tttAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGt > 2:2135981/1‑91 (MQ=255) tAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTa > 2:3633622/1‑91 (MQ=255) aaGTTAGCTACACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTAt < 1:2553964/91‑1 (MQ=255) gTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCa > 1:520206/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAg > 2:3350818/1‑91 (MQ=255) ttAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAg > 2:1303459/1‑91 (MQ=255) tAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGa < 2:155647/91‑1 (MQ=255) gCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGaaa > 1:1061530/1‑91 (MQ=255) gCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGaaa > 1:920727/1‑91 (MQ=255) aCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAAtgtgc < 2:3875095/91‑2 (MQ=255) aCATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATgtgt > 2:2810711/1‑91 (MQ=255) cATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTa > 2:3586897/1‑91 (MQ=255) tAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTaaa < 1:1205957/91‑1 (MQ=255) tGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGca < 1:599301/91‑1 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca > 1:1578547/1‑91 (MQ=255) gATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGcaca < 1:1305044/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAtt < 1:3696895/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAttt < 1:1075491/91‑1 (MQ=255) gAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACAtttt < 2:482125/91‑1 (MQ=255) aaaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTGATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTc < 2:2999327/91‑1 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt < 1:1593553/50‑1 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAAtt > 2:1593462/1‑50 (MQ=255) aaGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCa > 2:1221524/1‑91 (MQ=255) tCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGt < 1:1257280/91‑1 (MQ=255) gAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGa < 2:1568198/91‑1 (MQ=255) gAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGa < 1:3620761/91‑1 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 1:1168360/91‑1 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 1:1168834/91‑1 (MQ=255) aaTTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAt < 2:872123/91‑1 (MQ=255) attattAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt > 1:2288342/1‑91 (MQ=255) attattAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt > 1:747373/1‑91 (MQ=255) attattAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGAtt > 1:1011658/1‑91 (MQ=255) tattaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaa > 1:3236495/1‑91 (MQ=255) attaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaa > 1:1917604/1‑91 (MQ=255) ttaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaaa < 2:1768684/91‑1 (MQ=255) ttaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaaa < 2:2732890/91‑1 (MQ=255) ttaACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTaaaa < 1:902973/91‑1 (MQ=255) aaCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAAtt < 1:2935051/91‑1 (MQ=255) aaCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAAtt < 2:300196/91‑1 (MQ=255) aCAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTa > 2:2184742/1‑91 (MQ=255) aaTTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAgg < 1:1138256/91‑1 (MQ=255) tACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTa > 2:1371893/1‑91 (MQ=255) aCAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTAc > 2:3689173/1‑91 (MQ=255) taGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAATGTGTACGTCAGCCGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATGAAAATTAGGTTAcc > 2:2100521/2‑91 (MQ=255) aGTCTCTTAACTTGAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCGTTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa > 1:2630247/1‑91 (MQ=255) aGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa < 1:2441505/91‑1 (MQ=255) aGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa > 1:633379/1‑91 (MQ=255) aGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCa < 1:675531/91‑1 (MQ=255) gTCTCTTAACTTGAGCGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg > 1:2175076/1‑91 (MQ=255) gTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg > 2:3758963/1‑91 (MQ=255) gTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAg < 1:3336083/91‑1 (MQ=255) tctctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGa < 1:867879/91‑1 (MQ=255) ctctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAAAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGaa < 2:54700/91‑1 (MQ=255) ctcAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAAc > 1:2541576/1‑91 (MQ=255) cAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAt > 2:2273296/1‑91 (MQ=255) cAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAt > 2:1445712/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACAtt > 1:2490085/1‑91 (MQ=255) aGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTTGGTTACCAGAAACATTa > 1:139073/1‑91 (MQ=255) gTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTAt < 1:2176480/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTATc > 2:3484087/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTATc > 1:277332/1‑91 (MQ=255) | AAATCTGAACGTGACTATTTATTCTTTAAGTTAGCTATACATAGTGGATTGAAAGTATCAGAATTATTAACAATTACAGTCTCTCAAGTTAAGAGACTAATTGAAAAGTGTACGTTATCAGAAATGTGTAAAGCACATTTTCATTCGTTGATTAAAATTAGGTTACCAGAAACATTATCGA > USA300TCH1516_ALE/695520‑695700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |