Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 722,987 | C→T | 9.9% | T42I (ACA→ATA) | feuB → | Iron‑uptake system permease protein FeuB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 722,987 | 0 | C | T | 9.9% | 717.9 / 49.8 | 241 | T42I (ACA→ATA) | feuB | Iron‑uptake system permease protein FeuB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/106); new base T (8/16); total (119/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TTTTATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGT > USA300TCH1516_ALE/722897‑723077 | ttttATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTAc > 1:1775457/1‑91 (MQ=255) tATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAt < 1:2219190/91‑1 (MQ=255) tATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAAt > 2:1269125/1‑91 (MQ=255) aTCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAtt < 2:3295058/91‑1 (MQ=255) tCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAttg < 2:2827128/91‑2 (MQ=255) tCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAttg < 2:715250/91‑2 (MQ=255) tCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATta > 1:2765933/1‑91 (MQ=255) ccTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAttgt < 2:1408865/91‑3 (MQ=255) ccTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTATAAttgt < 1:1124662/91‑3 (MQ=255) cTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATtata < 1:1953978/91‑1 (MQ=255) tataTTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATag < 1:3867789/91‑1 (MQ=255) atatTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATaga < 1:811371/91‑1 (MQ=255) atatTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATaga > 2:3040982/1‑91 (MQ=255) tattatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATagag < 1:219129/91‑1 (MQ=255) ttatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGc < 2:1207323/91‑1 (MQ=255) ttatAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGc < 2:3790850/91‑1 (MQ=255) tataGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTGATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGACTCTACAATTATAGAGGCt < 2:3392769/91‑1 (MQ=255) aGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAtt > 2:1320972/1‑91 (MQ=255) ggTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttt > 1:664066/1‑91 (MQ=255) gTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAtttt < 2:248458/91‑1 (MQ=255) tttAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttttt < 1:1620514/91‑1 (MQ=255) tttAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTAttttt > 1:1510874/1‑91 (MQ=255) ttAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTa < 1:3416613/91‑1 (MQ=255) ttAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTa < 1:2821510/91‑1 (MQ=255) ttAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTa < 2:939763/91‑1 (MQ=255) tAAGTGTGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTaa < 2:3137890/91‑1 (MQ=255) aaGTATGATACTACAAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAAt < 2:1665105/91‑1 (MQ=255) gTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATta < 1:2056237/91‑1 (MQ=255) gTATGATACGACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATta < 1:3711975/91‑1 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa > 1:2929769/1‑91 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa < 2:2673430/91‑1 (MQ=255) tGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATCAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATaa > 1:2363034/1‑91 (MQ=255) gATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAAt > 2:1945375/1‑91 (MQ=255) gATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAAt > 2:1634654/1‑91 (MQ=255) gATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAAt > 2:1634782/1‑91 (MQ=255) gATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAAt < 1:3163705/91‑1 (MQ=255) actactAGTCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCt < 2:3447059/91‑1 (MQ=255) actactAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCt > 1:3582989/1‑91 (MQ=255) actactAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCt < 1:3041073/91‑1 (MQ=255) ctactaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTa < 2:664066/91‑1 (MQ=255) actaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGc < 1:1320972/91‑1 (MQ=255) actaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGc < 2:2246625/91‑1 (MQ=255) ctaATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCa < 2:1584218/91‑1 (MQ=255) taATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCaa < 2:2765933/91‑1 (MQ=255) aaTCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAAt > 1:1875203/1‑91 (MQ=255) aTCACACTATTTATTTCTACATTAGTAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATc < 2:3603071/91‑1 (MQ=255) tCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCa < 2:2244986/91‑1 (MQ=255) tCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCa < 1:348372/91‑1 (MQ=255) cacaCTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCaa > 1:381688/1‑91 (MQ=255) cacaCTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCaa > 2:1455934/1‑91 (MQ=255) cacTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACa > 2:406908/1‑91 (MQ=255) acTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAg < 1:838707/91‑1 (MQ=255) tttatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCaaa > 1:531952/1‑91 (MQ=255) tttatttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCaaa > 1:1885013/1‑91 (MQ=255) tttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcat < 1:3681892/91‑1 (MQ=255) tttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcat > 2:1546645/1‑91 (MQ=255) tttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcat < 1:2394273/91‑1 (MQ=255) ttCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcatc > 2:487272/1‑91 (MQ=255) tCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcatca > 1:3530148/1‑91 (MQ=255) tCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAAcatca > 1:1225952/1‑91 (MQ=255) cATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCaa < 1:3337912/91‑1 (MQ=255) aTTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAAt < 1:681493/91‑1 (MQ=255) aTTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAAt < 2:2032277/91‑1 (MQ=255) aTAGGTGACGCTAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATgaga < 2:876007/91‑1 (MQ=255) aTAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATgaga > 1:2459934/1‑91 (MQ=255) aTAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATgaga < 2:3795787/91‑1 (MQ=255) tAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAt > 1:2868549/1‑91 (MQ=255) aGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAtt > 1:1838636/1‑91 (MQ=255) aGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAtt > 1:565644/1‑91 (MQ=255) gTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAt > 1:110630/1‑88 (MQ=255) gTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGAt < 2:110630/88‑1 (MQ=255) gTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAg > 1:1657118/1‑91 (MQ=255) tGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAgg > 2:439668/1‑91 (MQ=255) actccAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGAt < 2:3854564/88‑1 (MQ=255) aCGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGAt < 1:1029594/91‑1 (MQ=255) gCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTc > 2:793261/1‑91 (MQ=255) ccAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTcc < 2:1873062/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCa < 1:420837/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCa < 1:418615/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAg > 1:1750923/1‑91 (MQ=255) aaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAg > 2:509516/1‑91 (MQ=255) aaaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAg > 1:2099433/1‑91 (MQ=255) aaTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGa < 2:1775457/91‑1 (MQ=255) aTTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGaa > 2:2376651/1‑91 (MQ=255) ttCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGaaa < 2:261233/91‑1 (MQ=255) tCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAat < 2:2937364/91‑1 (MQ=255) cAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAata > 1:1183124/1‑91 (MQ=255) cAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAata > 1:1545485/1‑91 (MQ=255) cAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAata > 1:758673/1‑91 (MQ=255) cAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAata > 2:2453508/1‑91 (MQ=255) aGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAAtata > 1:1428555/1‑91 (MQ=255) gCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATag < 2:1745412/91‑1 (MQ=255) ctctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagca < 2:2276851/91‑1 (MQ=255) ctctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagca > 2:2170378/1‑91 (MQ=255) ctctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagca < 2:3794199/91‑1 (MQ=255) tctATAATTGTAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagcag > 1:1910359/1‑91 (MQ=255) ctACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATagcagc > 1:3069797/1‑91 (MQ=255) aCAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGcagcag < 1:2528916/91‑1 (MQ=255) cAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGt < 1:2680817/91‑1 (MQ=255) cAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGt > 1:299025/1‑91 (MQ=255) | TTTTATCCTATATTATAGGTTTAAGTATGATACTACTAATCACACTATTTATTTCTACATTAATAGGTGACGCCAAAATTCAAGCCTCTACAATTATAGAGGCTATTTTTAATTATAATCCTAGCAATCAACAGCAAAACATCATCAATGAGATTAGGATTCCCAGAAATATAGCAGCAGT > USA300TCH1516_ALE/722897‑723077 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |