| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 724,452 | G→A | 5.9% | E197K (GAA→AAA) | feuC_1 → | Iron‑uptake system permease protein FeuC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 724,452 | 0 | G | A | 5.9% | 653.8 / 17.2 | 196 | E197K (GAA→AAA) | feuC_1 | Iron‑uptake system permease protein FeuC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/83); new base A (2/10); total (103/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TATGGTGGCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGCAATCTGATTTCATCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACGAATGGCCATTTGTCATTGCATTTTTACCGTGGGTGTTGATTATTATTCCTTACTTACTATTTAAATCGAATACACTAAATATTATTCAT > USA300TCH1516_ALE/724362‑724541 | tatGGTGGCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGCAATCTGATTTCATCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACg > 1:2366527/1‑91 (MQ=255)tatGGTGGCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGCAATCTGATTTCATCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACg > 1:3555574/1‑91 (MQ=255) tggtggCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGTAATCTGATTTCATCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACGaa > 2:3190727/1‑91 (MQ=255) tggtggCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGAAATCTGATTTCATCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACGaa > 2:3189012/1‑91 (MQ=255) ggtggCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGCAATCTGATTTCATCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACAAAt < 2:2356726/91‑1 (MQ=255) ggtggCTCAATTACAATTATGTCAAAATTTGATGATAAGCAATCTGATGTCGTCGCTGCTTGGTTTGCAGGTAATATTTGGGGTGACGAAt < 2:1178311/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |