| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 739,247 | T→A | 8.0% | V161D (GTT→GAT) | pitA_1 → | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 739,247 | 0 | T | A | 8.0% | 853.6 / 47.2 | 263 | V161D (GTT→GAT) | pitA_1 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (141/100); new base A (4/17); total (145/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.78e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ACCAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCACGG > USA300TCH1516_ALE/739157‑739337 | aCCAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGt > 1:3846768/1‑91 (MQ=255)aCCAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGt < 1:2694024/91‑1 (MQ=255) cAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTa > 1:577678/1‑91 (MQ=255) cAAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTa > 1:3320350/1‑91 (MQ=255) aaGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTAt > 2:3635117/1‑91 (MQ=255) ggTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCt < 1:2861635/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |