| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 739,250 | T→A | 7.8% | I162N (ATC→AAC) | pitA_1 → | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 739,250 | 0 | T | A | 7.8% | 862.4 / 44.7 | 266 | I162N (ATC→AAC) | pitA_1 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (136/108); new base A (4/17); total (141/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
AAGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCTTTAAAAATGCAAATTTAACAAGAGCGAATCGTAACTTTAGATTTTTCCAAATTTTCACAGCAGCGTTACAATCATTCTCTCACGGTA > USA300TCH1516_ALE/739160‑739339 | aGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATc > 2:2823590/1‑91 (MQ=255) aGGTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATc > 2:1994173/1‑91 (MQ=255) ggTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCt > 2:2234653/1‑91 (MQ=255) gTTTCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGTTATCtt < 1:2807039/91‑1 (MQ=255) tttCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCAATTTTTAAAGATAACttt < 2:208895/91‑1 (MQ=255) ttCACAAAAATTATTATTGTATTAATCGTTTCACCGATTATCGCATTTTGTGTTGGTTTCTTGATGTATTCACTTTTTAAAGTTATCTTTa > 2:2045971/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |