| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 868,373 | A→T | 5.5% | intergenic (+56/+1266) | smpB → / ← USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 868,373 | 0 | A | T | 5.5% | 673.0 / 20.7 | 199 | intergenic (+56/+1266) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/84); new base T (8/3); total (112/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GAGATGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCATGGATTCGACAGGGGTCCCCCGAGCTCATTAAGCGTGTCGGAGGG > USA300TCH1516_ALE/868283‑868463 | agaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAAt > 2:811790/1‑91 (MQ=255) gaTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATATGCTTTTGTAAAtt < 2:3586096/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATGTGTGCTTTTGTAAATTa > 2:544950/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 1:3534124/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTa > 2:739535/1‑91 (MQ=255) tGCGCGCGATATGAAAGCCCGTTATTAAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACaaa > 2:2682621/1‑91 (MQ=255) 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ttattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGCGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttat < 2:489689/91‑1 (MQ=255) tattaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatt > 1:3688032/1‑91 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta < 1:1492226/91‑1 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta > 2:12319/1‑91 (MQ=255) attaAGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATttatta > 2:3741954/1‑91 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATCGTTATATGTGCTTCTGTAAATTACAAATGTATGATTTGTTTGATTTACTAttt > 1:3605823/1‑91 (MQ=255) aaGCGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTAttt < 2:1398219/91‑1 (MQ=255) cGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgg < 1:1715748/91‑1 (MQ=255) cGATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgg > 2:3820414/1‑91 (MQ=255) gATTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGAGATAGTTATATGTGCTTTTGTAAAGTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCggg < 2:3861594/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgggg < 1:3295478/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCgggg > 1:2424950/1‑91 (MQ=255) aGTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGt < 1:3819884/91‑1 (MQ=255) gTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGtt > 2:3444296/1‑91 (MQ=255) gTTGCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGtt > 1:760054/1‑91 (MQ=255) gCTTAATCGGGCTATATTTGATATAGTTATATGTGCTTTTGTAAATTACAAAAGTATGATTTGTTTGATTTATTATTTCGGGGACGTTCAt < 1:3372638/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |