| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 875,946 | A→T | 8.1% | intergenic (+49/‑172) | clfA → / → USA300HOU_RS04275 | Clumping factor A/Staphylocoagulase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 875,946 | 0 | A | T | 8.1% | 558.0 / 29.5 | 172 | intergenic (+49/‑172) | clfA/USA300HOU_RS04275 | Clumping factor A/Staphylocoagulase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/75); new base T (8/6); total (91/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CTACTTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAGGT > USA300TCH1516_ALE/875856‑876036 | ctactTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTa < 1:1038973/91‑1 (MQ=255)ctactTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTa > 2:3293950/1‑91 (MQ=255) tactTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaa > 1:2205199/1‑91 (MQ=255) tactTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaa > 1:1916081/1‑91 (MQ=255) ctTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTaaaa < 1:1225797/91‑1 (MQ=255) ttttCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAg < 2:3878223/91‑1 (MQ=255) tttCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATTATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAgg < 2:2208767/91‑1 (MQ=255) tttCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAgg > 1:1390374/1‑91 (MQ=255) tttCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAgg > 1:2284922/1‑91 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTg < 2:3385749/91‑1 (MQ=255) tCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTg < 2:1490590/91‑1 (MQ=255) cAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTgg < 2:2466412/91‑1 (MQ=255) cAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTgg > 2:2060595/1‑91 (MQ=255) cAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATCAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTTTAAGGTgg < 1:1810770/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCt > 2:725079/1‑91 (MQ=255) aagaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCtt < 2:1063111/91‑1 (MQ=255) aagaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCtt > 2:2356555/1‑91 (MQ=255) gaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCtttt > 2:549619/1‑91 (MQ=255) gaaAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCtttt > 2:3409618/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTa > 1:3525839/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTAc < 1:1632183/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTAc < 1:2227734/91‑1 (MQ=255) aaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAATTTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACt < 2:3273379/91‑1 (MQ=255) aaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTgg > 1:3058651/1‑81 (MQ=255) aaaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACt < 2:2679336/91‑1 (MQ=255) aaGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACtt > 2:414612/1‑91 (MQ=255) aGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTg > 1:646263/1‑91 (MQ=255) aGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTg < 2:3224134/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGa < 1:619143/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGAt > 2:3051569/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGAt < 1:2600968/91‑1 (MQ=255) aaaGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTc > 1:451717/1‑91 (MQ=255) aGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCa < 1:3552564/91‑1 (MQ=255) gATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTACaa > 2:2532557/1‑91 (MQ=255) aTAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCaaa < 2:706391/91‑1 (MQ=255) tAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAat > 1:2079842/1‑91 (MQ=255) tAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATAAGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAat > 2:1667612/1‑91 (MQ=255) aaGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAata < 1:396952/91‑1 (MQ=255) aGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAGAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatat < 2:3811001/91‑1 (MQ=255) aGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatat < 1:531309/91‑1 (MQ=255) gAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatata > 1:830425/1‑91 (MQ=255) gAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatata < 2:1042599/91‑1 (MQ=255) gAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatata > 2:2221727/1‑91 (MQ=255) gAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatata < 2:403282/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAatatat > 1:3294838/1‑91 (MQ=255) aaGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGtt > 2:1893771/1‑91 (MQ=255) aGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGttt < 1:37613/91‑1 (MQ=255) aGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGttt < 1:3409618/91‑1 (MQ=255) gTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTg > 2:3310449/1‑91 (MQ=255) taataaTGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGC‑TTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGaa < 2:2640677/91‑1 (MQ=255) aataatGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGaa < 2:153418/91‑1 (MQ=255) ataatGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAat > 1:1452236/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataa < 2:1518144/91‑1 (MQ=255) atatTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataatt < 1:1331840/91‑1 (MQ=255) atatTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataatt > 1:2800208/1‑91 (MQ=255) atatTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataatt > 1:1445980/1‑91 (MQ=255) attaaattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaa > 1:1548492/1‑91 (MQ=255) aaattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataa > 1:1993725/1‑91 (MQ=255) aattaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataat > 2:803101/1‑91 (MQ=255) attaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatt > 2:1789568/1‑91 (MQ=255) attaaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatt < 2:1713673/91‑1 (MQ=255) ttaaTCATATGATTCAGGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATataattaataatta < 2:3704930/91‑1 (MQ=255) taaTCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATAtaattaataattaa < 2:3876573/91‑1 (MQ=255) tCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtc > 1:3616066/1‑91 (MQ=255) tCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtc > 2:393257/1‑91 (MQ=255) cATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtca < 1:2789781/91‑1 (MQ=255) tatGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtcatc > 2:1271234/1‑91 (MQ=255) tatGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATtcatc > 2:2932470/1‑91 (MQ=255) tGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCaa > 1:136406/1‑91 (MQ=255) tCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGt < 2:1114014/91‑1 (MQ=255) tCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGt < 2:2551863/91‑1 (MQ=255) aTGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTa < 2:868520/91‑1 (MQ=255) tGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTaa > 1:3817128/1‑91 (MQ=255) gaagaaGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTaag > 2:3849534/1‑90 (MQ=255) gaagaaGCCACCTTAAAAGGTGACTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAat > 2:590910/1‑91 (MQ=255) agaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAatta < 1:414612/91‑1 (MQ=255) gaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattat < 2:1695786/91‑1 (MQ=255) gaagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattat > 2:3356723/1‑91 (MQ=255) aagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattatt < 1:2924578/91‑1 (MQ=255) aagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattatt < 1:3051569/91‑1 (MQ=255) aagCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAattatt > 1:697345/1‑91 (MQ=255) agCCACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:2438824/1‑91 (MQ=255) agCCACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:3479050/1‑91 (MQ=255) agCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:1097264/1‑91 (MQ=255) agCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:484167/1‑91 (MQ=255) agCAACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAttt > 1:1153577/1‑91 (MQ=255) gCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTAtttt < 2:1776453/91‑1 (MQ=255) ccACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTa > 2:1506912/1‑91 (MQ=255) ccACCTTTTAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTATCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCAACAACAGTTAATTATTTTa > 2:693222/1‑91 (MQ=255) cACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaa > 2:3639269/1‑91 (MQ=255) cACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaa > 1:388395/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaa < 2:3118302/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaa < 2:2034725/91‑1 (MQ=255) ccTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaa > 1:23957/1‑91 (MQ=255) ccTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaa > 2:2400675/1‑91 (MQ=255) ccTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaa > 1:23790/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaaa > 2:1784346/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTaaaaa > 2:819784/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAg < 2:2913836/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAGGt < 1:1512784/91‑1 (MQ=255) | CTACTTTTCAGAAGAAAAAAAGAAAATAAAGATAAGAAATAAGTAATAATGATATTAAATTAATCATATGATTCATGAAGAAGCCACCTTAAAAGGTGGCTTTTTTACTTGGATTTTCCAAATATATTGTTTGAATATAATTAATAATTAATTCATCAACAGTTAATTATTTTAAAAAGGT > USA300TCH1516_ALE/875856‑876036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |