| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 890,016 | C→A | 5.4% | intergenic (+29/‑129) | mgsR → / → gcvH | Regulatory protein MgsR/Glycine cleavage system H protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 890,016 | 0 | C | A | 5.4% | 836.2 / 26.9 | 240 | intergenic (+29/‑129) | mgsR/gcvH | Regulatory protein MgsR/Glycine cleavage system H protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/105); new base A (8/5); total (130/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GGGCGATAAGATAACATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTATGGCA > USA300TCH1516_ALE/889927‑890106 | gCGATAAGATAACATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGat > 1:2707785/1‑91 (MQ=255) gCGATAAGATAACATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGat > 2:2378915/1‑91 (MQ=255) taagagaaCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAATGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCGAGATAttt < 2:2486251/91‑1 (MQ=255) aagataaCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTa > 2:124433/1‑91 (MQ=255) gataaCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGa < 2:3661473/91‑1 (MQ=255) gagaaCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTGAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGa < 2:2326393/88‑1 (MQ=255) ataaCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGAt > 2:3448949/1‑91 (MQ=255) taaCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGAtt > 2:3029098/1‑91 (MQ=255) aCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCa > 2:2275145/1‑91 (MQ=255) aCATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCa < 1:2201319/91‑1 (MQ=255) aTTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCAtt > 1:194184/1‑91 (MQ=255) aTTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCAtt > 1:2520658/1‑91 (MQ=255) ttAGGATTTAAAGAAGATGAATTGAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTACGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTa < 1:54456/91‑1 (MQ=255) ggATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACAt > 1:3813684/1‑91 (MQ=255) ggATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACAt > 2:3286662/1‑91 (MQ=255) gATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATg > 2:3493680/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGt < 1:3326586/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTaaaa < 1:1143057/91‑1 (MQ=255) aagaagATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTTAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAAt < 1:3182357/91‑1 (MQ=255) aagaagATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAAt < 2:582584/91‑1 (MQ=255) aagaagATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAACGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAAt < 2:3400552/91‑1 (MQ=255) agaagaTCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATg < 2:2767359/91‑1 (MQ=255) aagaTCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGaa > 2:3276481/1‑91 (MQ=255) agaTCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGaaa > 1:1602112/1‑91 (MQ=255) gaTCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAAt > 2:2452492/1‑91 (MQ=255) tCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATaa < 1:477146/91‑1 (MQ=255) aaTATACAGAGACTTGGTTAGCGTAAGAGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCGCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGc < 2:136211/91‑1 (MQ=255) aaTATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGc > 1:1793346/1‑91 (MQ=255) atatAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCt < 2:349030/91‑1 (MQ=255) tataAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTTAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCta > 2:3882259/1‑91 (MQ=255) aaaGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATAc < 1:1516839/91‑1 (MQ=255) gaCTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTg < 1:2826290/91‑1 (MQ=255) gaCTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTg < 1:472536/91‑1 (MQ=255) aCTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGt < 2:478349/91‑1 (MQ=255) aCTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGt > 2:1678957/1‑91 (MQ=255) aCTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGt > 1:3404636/1‑91 (MQ=255) ttGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAATTGAAATAAGCTATACAATTGTTa < 1:3072449/91‑1 (MQ=255) ttGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTa > 1:606320/1‑91 (MQ=255) tGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTaa < 1:2916662/91‑1 (MQ=255) tGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTaa > 1:1908287/1‑91 (MQ=255) tGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTaa > 1:3783375/1‑91 (MQ=255) ggTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAt > 1:732156/1‑91 (MQ=255) ggTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAt > 2:1983853/1‑91 (MQ=255) ggTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTACACAATTGTTAAt > 2:3229501/1‑91 (MQ=255) gTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAtt > 1:2116896/1‑91 (MQ=255) gTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAtt > 2:3875056/1‑91 (MQ=255) tAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAtttt < 1:3729850/91‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTCCTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAttttt < 2:3597932/91‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAttttt < 1:886646/91‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAttttt < 2:110802/91‑1 (MQ=255) gCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTta > 2:2633941/1‑91 (MQ=255) gTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTtata > 2:3622622/1‑91 (MQ=255) gTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTtata < 1:251822/91‑1 (MQ=255) gTAAGTGAAATGTAAGAGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTtata < 2:2977612/91‑1 (MQ=255) aGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAat > 2:3332292/1‑91 (MQ=255) aGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAat > 1:1036395/1‑91 (MQ=255) aGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAat > 1:2737073/1‑91 (MQ=255) aGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAat > 1:972369/1‑91 (MQ=255) gTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAata > 1:3614548/1‑91 (MQ=255) tGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAatat < 1:1008976/91‑1 (MQ=255) tGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAatat < 1:2550070/91‑1 (MQ=255) aaaTGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAg < 2:1483129/91‑1 (MQ=255) aaaTGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAg < 1:2452492/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAAtatatt > 1:3051602/1‑89 (MQ=255) aTGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGtt > 1:781632/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTg < 2:2159874/91‑1 (MQ=255) tGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTg > 2:2891060/1‑91 (MQ=255) gTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGa > 1:2870588/1‑91 (MQ=255) tAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGaa > 2:918619/1‑91 (MQ=255) tAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGaa < 1:1409226/91‑1 (MQ=255) gCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAg < 2:3449092/91‑1 (MQ=255) gCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAg < 2:2019832/91‑1 (MQ=255) gCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAg < 2:314135/91‑1 (MQ=255) cGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGc > 2:2187523/1‑91 (MQ=255) cGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGc > 2:1475803/1‑91 (MQ=255) gTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCa < 1:3595915/91‑1 (MQ=255) gTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTATATAAATATAGTTGAATAGCa < 2:190684/91‑1 (MQ=255) ttACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATc < 2:2196185/91‑1 (MQ=255) ttACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATc < 1:2047253/91‑1 (MQ=255) ttACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATc > 1:574380/1‑91 (MQ=255) aatcTAAATATCGAGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATc > 1:2560577/4‑91 (MQ=255) atcTAAATATCGAGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCt > 1:1561154/3‑91 (MQ=255) atcTAAATATCGAGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCt > 2:548634/3‑91 (MQ=255) aCTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATATCTTCTa > 2:1698150/1‑91 (MQ=255) cTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAg < 1:2352971/91‑1 (MQ=255) cTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAg < 2:1143809/91‑1 (MQ=255) cTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAAGTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAg < 1:124433/91‑1 (MQ=255) tAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTTTAATTATAGTTGAATAGCATCTAGc > 2:2670764/1‑91 (MQ=255) aaaTATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTATTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGcc > 1:3110947/1‑91 (MQ=255) aaaTATCGAGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGcc > 1:2238000/1‑91 (MQ=255) aaTATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCt < 1:1313134/91‑1 (MQ=255) atatCTCGATATTTAGCTTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCtt < 2:3703372/91‑1 (MQ=255) atatCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCtt > 1:3751321/1‑91 (MQ=255) atatCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCtt < 2:2566552/91‑1 (MQ=255) tatCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACGATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTa < 2:2997446/91‑1 (MQ=255) tatCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTa < 1:662061/91‑1 (MQ=255) ctcGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTATgg < 2:516088/91‑1 (MQ=255) tcGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTATGGc > 1:1792298/1‑91 (MQ=255) tcGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTATGGc < 2:1002318/91‑1 (MQ=255) cGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTATGGca < 1:1703772/91‑1 (MQ=255) | GGGCGATAAGATAACATTAGGATTTAAAGAAGATCAATATAAAGAGACTTGGTTAGCGTAAGTGAAATGTAAGCGTTTACTAAATATCTCGATATTTAGATTCATTACATGTAAAATGAAATAAGCTATACAATTGTTAATTTTTATAAATATAGTTGAATAGCATCTAGCCTTATGGCA > USA300TCH1516_ALE/889927‑890106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |