Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 890,542 | T→C | 10.7% | intergenic (+17/‑47) | gcvH → / → USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 890,542 | 0 | T | C | 10.7% | 716.3 / 61.5 | 253 | intergenic (+17/‑47) | gcvH/USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/105); new base C (8/19); total (129/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/890453‑890632 | aGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTa > 1:288531/1‑91 (MQ=255) aGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTa > 1:2236347/1‑91 (MQ=255) gAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTaa < 1:764740/91‑1 (MQ=255) gAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTaa < 1:558258/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAAt < 2:913923/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAAt > 2:1937807/1‑91 (MQ=255) 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aaaaTATTCAGAAATGATTGGTGACTAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGTGTAAATCAATGat > 2:2303639/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGat > 1:3160362/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGat > 1:3625119/1‑91 (MQ=255) aaaTATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGata > 2:3012469/1‑91 (MQ=255) aaaTATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGata > 2:1803508/1‑91 (MQ=255) atatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGtt < 1:3766871/61‑1 (MQ=255) atatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGtt > 2:3766871/1‑61 (MQ=255) atatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATg > 1:216327/1‑91 (MQ=255) atatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATg > 2:2846891/1‑91 (MQ=255) atatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATg > 1:1636697/1‑91 (MQ=255) tatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATga > 1:640500/1‑91 (MQ=255) atTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaa > 1:1704949/1‑91 (MQ=255) atTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaa < 2:1293057/91‑1 (MQ=255) atTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaa < 1:3701973/91‑1 (MQ=255) tCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaag < 2:2431369/91‑1 (MQ=255) tCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaag < 1:275943/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaaga > 1:851298/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |