| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 890,548 | A→T | 11.3% | intergenic (+23/‑41) | gcvH → / → USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 890,548 | 0 | A | T | 11.3% | 748.2 / 68.2 | 246 | intergenic (+23/‑41) | gcvH/USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/102); new base T (9/19); total (125/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTACATTTTA > USA300TCH1516_ALE/890458‑890638 | ttAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTa > 1:2529095/1‑91 (MQ=255)ttAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTa < 2:1052181/91‑1 (MQ=255) tAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTTGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTaa < 2:3815066/91‑1 (MQ=255) aGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATCAACAGCTGTGAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTCATCTAAg > 2:2437129/1‑91 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGa < 2:1217229/91‑1 (MQ=255) gTGATGAAAGCCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGa < 1:2743980/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |