| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 927,944 | A→T | 6.1% | intergenic (+164/‑248) | ghrB_1 → / → USA300HOU_RS04615 | Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase B/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 927,944 | 0 | A | T | 6.1% | 816.6 / 27.9 | 243 | intergenic (+164/‑248) | ghrB_1/USA300HOU_RS04615 | Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase B/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (108/119); new base T (2/13); total (111/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TGTATATATTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAG > USA300TCH1516_ALE/927854‑928034 | tGTATATATTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACaaa > 1:455878/1‑91 (MQ=255) atatatTTGCGCGGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAAtt < 2:1679843/91‑1 (MQ=255) tatatTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTg > 2:317247/1‑91 (MQ=255) tgtttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGtt < 2:252556/89‑1 (MQ=255) atTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTta > 1:1343552/1‑91 (MQ=255) tttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGTtat < 1:3763465/91‑1 (MQ=255) tttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGTtat < 1:3471742/91‑1 (MQ=255) tttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtat > 2:1014928/1‑91 (MQ=255) ttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtata < 1:1102757/91‑1 (MQ=255) tGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGCGTTTATTTGATTTCGACGTATATAACAAAATTGTtatat > 1:3601484/1‑91 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGTtatata < 1:3844862/91‑1 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGTtatata < 1:635183/91‑1 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtatata > 2:2732425/1‑91 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtatata > 2:2731960/1‑91 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtatata < 2:660386/91‑1 (MQ=255) cgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAg > 1:1201088/1‑91 (MQ=255) cgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAg > 1:1553755/1‑91 (MQ=255) gcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATATCAAAATTGTTATATAGa > 1:3324194/1‑91 (MQ=255) gcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGa < 1:584008/91‑1 (MQ=255) cTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGAc < 2:2063893/91‑1 (MQ=255) gatgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTg > 1:1359726/1‑91 (MQ=255) atgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGt < 1:515046/91‑1 (MQ=255) atgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGt < 2:214674/91‑1 (MQ=255) atgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGt < 1:517602/91‑1 (MQ=255) gatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTaa < 2:33327/91‑1 (MQ=255) atAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAat < 1:2306653/91‑1 (MQ=255) tAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAatt > 2:3477867/1‑91 (MQ=255) tAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAatt < 1:3224170/91‑1 (MQ=255) tAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAatt > 2:535182/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattg > 1:2567566/1‑91 (MQ=255) aTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgt > 2:2131934/1‑91 (MQ=255) aTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgt > 2:3038750/1‑91 (MQ=255) cAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgttta < 2:841484/91‑1 (MQ=255) cAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgttta > 2:995000/1‑91 (MQ=255) aTAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttatt > 1:3547188/1‑91 (MQ=255) aaCATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttattgt < 1:1862135/91‑1 (MQ=255) aCATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttattgtt > 1:3280725/1‑91 (MQ=255) aTTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAAttgtttattgttta > 1:2607654/1‑91 (MQ=255) ataAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAAt > 2:2646495/1‑91 (MQ=255) ataAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAAt > 1:996707/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAAc < 2:835713/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAAc < 2:2249652/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAAc < 2:2168682/91‑1 (MQ=255) cTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCt < 2:2710629/91‑1 (MQ=255) cTCATCACATTAATATGACGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCt > 1:312542/1‑91 (MQ=38) cGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCttt < 1:716197/91‑1 (MQ=255) cGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCttt < 2:1504431/91‑1 (MQ=255) cGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCttt < 1:888421/91‑1 (MQ=255) cATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTaaa < 2:2301287/91‑1 (MQ=255) cATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTaaa < 1:3410221/91‑1 (MQ=255) atatTAATGTTATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTaaaa < 2:1609658/91‑1 (MQ=255) tatTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaat < 2:186330/91‑1 (MQ=255) atTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatg > 1:203298/1‑91 (MQ=255) atTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatg > 2:279160/1‑91 (MQ=255) atTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatg > 2:3695008/1‑91 (MQ=255) ttAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatga < 2:1359726/91‑1 (MQ=255) ttAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatga > 1:181410/1‑91 (MQ=255) aaTGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaat < 2:1782605/91‑1 (MQ=255) aTGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaatg > 2:1840494/1‑91 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 2:2903100/91‑1 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 1:1182511/91‑1 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 1:1061389/91‑1 (MQ=255) gtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAatgat < 1:435675/91‑1 (MQ=255) tgatgaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAatgatg > 1:2942026/1‑91 (MQ=255) tgaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTtc < 2:3259911/91‑1 (MQ=255) gaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTtct < 2:170236/91‑1 (MQ=255) aGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTtctc > 1:1636312/1‑91 (MQ=255) aGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAAGTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTtctc < 2:2942026/91‑1 (MQ=255) tttATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTcaa < 1:3430202/91‑1 (MQ=255) ttATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTcaac < 1:1900428/91‑1 (MQ=255) tATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTcaaca < 1:2131934/91‑1 (MQ=255) tATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTcaaca > 2:3352558/1‑91 (MQ=255) tttGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACaaa > 1:866114/1‑91 (MQ=255) tttGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACaaa < 2:181410/91‑1 (MQ=255) ttGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTGAACAAAg > 2:3437419/1‑91 (MQ=255) gATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtg < 1:3812666/91‑1 (MQ=255) aTTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtgt < 2:1418326/91‑1 (MQ=255) aTTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtgt > 1:2882931/1‑91 (MQ=255) aTTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtgt > 1:1723887/1‑91 (MQ=255) tttGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTAt < 2:1201131/91‑1 (MQ=255) tttGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTAt < 2:3544159/91‑1 (MQ=255) aCGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAtt > 1:2705177/1‑91 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATATCCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGAGTATCAttt > 2:557303/1‑91 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt > 2:2497985/1‑91 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt < 1:3689407/91‑1 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt < 1:1970519/91‑1 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt < 2:2020563/91‑1 (MQ=255) gTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTa > 2:3659181/1‑91 (MQ=255) gTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTa > 1:561815/1‑91 (MQ=255) tatataACAATTTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAACATGAATGCTGTTCTCAACACAGTGTATCATTTAc > 2:3629921/1‑91 (MQ=255) tatataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTAc < 2:3825190/91‑1 (MQ=255) tatataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTAc > 2:2881679/1‑91 (MQ=255) atataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACa < 1:1675282/91‑1 (MQ=255) tataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaa < 2:2912380/91‑1 (MQ=255) tataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaa > 1:1514799/1‑91 (MQ=255) tataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaa > 1:2272045/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaataa < 2:766466/91‑1 (MQ=255) cAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAAtt < 2:247476/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTg > 1:2914015/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAg > 2:3523720/1‑91 (MQ=255) | TGTATATATTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAG > USA300TCH1516_ALE/927854‑928034 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |