| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 927,945 | A→T | 6.0% | intergenic (+165/‑247) | ghrB_1 → / → USA300HOU_RS04615 | Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase B/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 927,945 | 0 | A | T | 6.0% | 823.1 / 28.8 | 243 | intergenic (+165/‑247) | ghrB_1/USA300HOU_RS04615 | Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase B/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (109/119); new base T (2/13); total (111/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TATATATTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAGT > USA300TCH1516_ALE/927856‑928035 | tatataTTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAAt < 1:3658681/91‑1 (MQ=255) atatatTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAAtt > 2:2282028/1‑91 (MQ=255) tatatTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTg < 2:3348423/91‑1 (MQ=255) atatCTGCGCTGATGCTAATCCAATACCATTATAAACTCGTCATACTAATGTGATGAGTCTATTTGATTTAGACTTACCTAACAACATTGt > 2:2469969/1‑91 (MQ=255) tatTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTGTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGtt > 1:3310365/1‑91 (MQ=255) atTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGTta < 2:3567432/91‑1 (MQ=255) atTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTta > 1:1343552/1‑91 (MQ=255) atTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTta < 1:2061134/91‑1 (MQ=255) tttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAATTTTGTtat < 1:3472029/91‑1 (MQ=255) gttGCGCTGAGGATGATTCAATAACATTATCAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGGCGTATATAACAATTTTGTtat < 1:3763397/90‑1 (MQ=255) ttGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtata < 1:1102757/91‑1 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtatata < 2:660386/91‑1 (MQ=255) gcgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTtatata > 2:2732222/1‑91 (MQ=255) cgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAg > 2:3689407/1‑91 (MQ=255) cgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAg > 1:1553755/1‑91 (MQ=255) cgcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAg > 1:1201088/1‑91 (MQ=255) gcTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGa > 1:922285/1‑91 (MQ=255) cTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGAc < 2:2702549/91‑1 (MQ=255) cTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGAc < 1:573438/91‑1 (MQ=255) tgatgaTAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACt > 1:3371818/1‑91 (MQ=255) gatgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTg > 1:1359726/1‑91 (MQ=255) atgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGt < 2:214673/91‑1 (MQ=255) atgatAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGt < 2:341428/91‑1 (MQ=255) atAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAat < 1:2306653/91‑1 (MQ=255) tAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAatt > 2:535182/1‑91 (MQ=255) tAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAatt > 1:2184333/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattg < 2:1553755/91‑1 (MQ=255) aaTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattg > 1:3439095/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattg < 1:516998/91‑1 (MQ=255) aaTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattg > 1:622410/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattg > 2:1640069/1‑91 (MQ=255) aTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgt < 2:2854204/91‑1 (MQ=255) aTTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTCATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgt > 1:3882044/1‑91 (MQ=255) cAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgttta < 2:841484/91‑1 (MQ=255) cAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgttta > 2:995000/1‑91 (MQ=255) aTAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttatt > 1:2899032/1‑91 (MQ=255) aaCATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttattgt > 1:169506/1‑91 (MQ=255) aaCATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttattgt < 1:1862135/91‑1 (MQ=255) aCATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAattgtttattgtt < 1:462615/91‑1 (MQ=255) aTTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAAttgtttattgttta > 1:2607654/1‑91 (MQ=255) tataAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTaaa < 1:2559322/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAAc < 2:835713/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAAc < 2:3022913/91‑1 (MQ=255) aaCTCATCACATTAATATGACGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAAc > 2:1750879/1‑91 (MQ=37) cGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCttt < 1:2704793/91‑1 (MQ=255) atatTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTaaaa > 1:52661/1‑91 (MQ=255) atatTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTaaaa > 2:10140/1‑91 (MQ=255) tatTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaat < 2:186330/91‑1 (MQ=255) atTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatg > 2:2115403/1‑91 (MQ=255) atTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatg > 2:279160/1‑91 (MQ=255) atTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatg > 2:3695008/1‑91 (MQ=255) ttAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatga < 2:3323890/91‑1 (MQ=255) ttAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatga > 1:181451/1‑91 (MQ=255) tAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaa < 2:3237886/91‑1 (MQ=255) tAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaa < 1:886363/91‑1 (MQ=255) tAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaa < 2:3479391/91‑1 (MQ=255) aTGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaatg < 2:2937014/91‑1 (MQ=255) aTGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAaatgaatg > 2:1840494/1‑91 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 2:2903100/91‑1 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 2:2200770/91‑1 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 1:1182511/91‑1 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 1:1061389/91‑1 (MQ=255) tgtgATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAatgaatga < 2:1693313/91‑1 (MQ=255) tgatgaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAatgatg > 1:2942026/1‑91 (MQ=255) tgatgaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAatgatg > 2:271120/1‑91 (MQ=255) atgaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGtt > 2:2056486/1‑91 (MQ=255) gaGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTtct > 1:815392/1‑91 (MQ=255) aGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTtctc > 1:1636312/1‑91 (MQ=255) aGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAACAACCTTTAAAATGAATGATGTtctc > 1:3599059/1‑91 (MQ=255) ttATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTcaac < 2:2554426/91‑1 (MQ=255) tATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTcaaca > 2:2507204/1‑91 (MQ=255) tttGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACaaa < 2:181410/91‑1 (MQ=255) ttGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTGAACAAAg > 2:3437419/1‑91 (MQ=255) gATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtg < 1:3812653/91‑1 (MQ=255) gATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtg < 1:3812858/91‑1 (MQ=255) gATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtg < 1:3414928/91‑1 (MQ=255) gATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtg < 1:317247/91‑1 (MQ=255) aTTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtgt > 1:2882931/1‑91 (MQ=255) aTTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtgt < 2:1418304/91‑1 (MQ=255) aTTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAgtgt > 1:1723887/1‑91 (MQ=255) tttGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTAt < 2:1201088/91‑1 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATATCCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGAGTATCAttt > 2:557303/1‑91 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt < 2:2020563/91‑1 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt > 2:2497961/1‑91 (MQ=255) cGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCAttt < 1:1970519/91‑1 (MQ=255) gTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTa > 2:308517/1‑91 (MQ=255) tatataACAATTTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAACATGAATGCTGTTCTCAACACAGTGTATCATTTAc > 2:3629921/1‑91 (MQ=255) tatataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTAc < 2:2153720/91‑1 (MQ=255) tataACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaa > 1:1514799/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaataa > 2:1284651/1‑91 (MQ=255) aaCAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaataa < 2:766466/91‑1 (MQ=255) aCAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaataat > 1:683272/1‑91 (MQ=255) aCAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACaataat < 1:323386/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTg < 2:1492670/91‑1 (MQ=255) aaTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAg > 2:3523720/1‑91 (MQ=255) aaTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAg < 1:1909396/91‑1 (MQ=255) aTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAACTGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAGt > 1:3080380/1‑91 (MQ=255) aTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAGt < 2:1723887/91‑1 (MQ=255) aTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAGt < 2:3876808/91‑1 (MQ=255) aTTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAGt > 1:2127122/1‑91 (MQ=255) | TATATATTTGCGCTGATGATAATTCAATAACATTATAAACTCGTCATATTAATGTGATGAGTTTATTTGATTTTGACGTATATAACAAAATTGTTATATAGACTGTAATTGTTTATTGTTTAAATAACCTTTAAAATGAATGATGTTCTCAACAAAGTGTATCATTTACAATAATTGAGT > USA300TCH1516_ALE/927856‑928035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |