| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 24,137 | 0 | G | A | 5.9% | 815.9 / 25.8 | 254 | intergenic (+389/‑41) | purA/USA300TCH1516_00018 | Adenylosuccinate synthetase/tRNA‑Glu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/136); new base A (12/3); total (114/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
AATGAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATGGCAAGATTGGCTGTGCTATAATCTATCTTGTGCTTAAGAACGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACG > USA300TCH1516_ALE/24047‑24227 | aaTGAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATgg < 2:510522/91‑1 (MQ=255)aaTGAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATgg < 2:355333/91‑1 (MQ=255)aaTGAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATgg < 2:2437099/91‑1 (MQ=255)aaTGAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATgg < 2:1180355/91‑1 (MQ=255) tGAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATGGCa < 2:1128392/91‑1 (MQ=255) gAATAGACTGCCAATAAAATGCAATTTTTCACTTATAACATTCTTCAAAAAATAATAGCAAAATTATGTAAAAAATATCTTGTCATGGCaa < 2:1465939/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |