| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | T→A | 16.2% | intergenic (+92/‑270) | yugI_2 → / → USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | 0 | T | A | 16.2% | 629.3 / 101.9 | 228 | intergenic (+92/‑270) | yugI_2/USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (83/108); new base A (24/13); total (107/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCT > USA300TCH1516_ALE/950011‑950188 | aCAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAg < 2:2820965/91‑1 (MQ=38) aTAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATAc > 1:1695555/1‑91 (MQ=255) aTAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAGATAc < 1:2373653/91‑1 (MQ=37) tAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACt < 2:3752731/91‑1 (MQ=255) tAAAGCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAGATACt < 1:3230695/91‑1 (MQ=25) aaaTCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAGATACTa < 2:1666655/91‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |