Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000731 | 5,779 | C→T | 10.3% | intergenic (+296/‑1192) | cadX → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000731 | 5,779 | 0 | C | T | 10.3% | 1925.6 / 138.9 | 646 | intergenic (+296/‑1192) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (301/278); new base T (55/12); total (356/290) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 693 total aligned reads displayed.
CTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTG > CP000731/5689‑5869 | ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac < 1:3304306/91‑1 (MQ=255) ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac < 1:1231384/91‑1 (MQ=255) ctgtTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac > 1:377084/1‑91 (MQ=255) TGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactact < 2:2987514‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactact < 1:804107‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCTAGCATCGAAAAAATCCCCACACTATTGCa > 2:499720‑M1/1‑91 (MQ=255) 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TATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTAttgcagtag > 1:3854959‑M1/1‑87 (MQ=255) TATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTAttgcagtag > 2:2716992‑M1/1‑87 (MQ=255) ttatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAgtg < 2:1687545/91‑1 (MQ=255) ttatACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAgtg > 2:781248/1‑91 (MQ=255) taCTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTgg < 1:846480/91‑1 (MQ=255) cTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTgggg > 1:3253761/1‑91 (MQ=255) ttATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGa > 1:584155/1‑91 (MQ=255) ttATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGa < 2:3233238/91‑1 (MQ=255) ttGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTg > 1:1801019/1‑91 (MQ=255) tGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTgg < 1:1688021/91‑1 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGt < 2:3519319/91‑1 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGt < 2:1789076/91‑1 (MQ=255) ggCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGAGTGGt > 1:140662/1‑91 (MQ=255) cTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGc < 1:3198127/91‑1 (MQ=255) tAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAt < 1:38902/91‑1 (MQ=255) aGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAtt < 1:2445137/91‑1 (MQ=255) gTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAGAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTa > 2:3405243/1‑91 (MQ=255) gTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTACAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTa > 2:3616160/1‑91 (MQ=255) tAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTaa > 2:1388934/1‑91 (MQ=255) acgcaacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTg > 1:2230247‑M2/9‑91 (MQ=255) gcaacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGtt < 1:693219‑M2/85‑1 (MQ=255) gcaacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGtt < 1:1753125‑M2/85‑1 (MQ=255) gcaacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGtt > 1:3445696‑M2/7‑91 (MQ=255) aacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTaa < 1:3048336‑M2/87‑1 (MQ=255) aacaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTaa < 1:2331755‑M2/87‑1 (MQ=255) acaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAAt < 1:1943903‑M2/88‑1 (MQ=255) acaAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAAt > 1:2747731‑M2/4‑91 (MQ=255) caAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATc > 1:1135385‑M2/3‑91 (MQ=255) ttaatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCg > 2:2934981/1‑91 (MQ=255) taatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGt < 1:755440/91‑1 (MQ=255) taatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGt < 2:2050077/91‑1 (MQ=255) aatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGtt > 2:1989233/1‑91 (MQ=255) aatAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGtt > 2:1331455/1‑91 (MQ=255) atAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTta > 1:2780292/1‑91 (MQ=255) atAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGCGAGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTta > 2:1859817/1‑91 (MQ=255) tAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTtat > 2:74467/1‑91 (MQ=255) aGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTtata < 2:3325794/91‑1 (MQ=255) aGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTtata > 1:2392214/1‑91 (MQ=255) aGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCAGTAATTGTTAATCATTTTCGTtata > 2:3595766/1‑91 (MQ=255) ggCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTtatat < 2:3114962/91‑1 (MQ=255) 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taAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAac < 2:2757781/91‑1 (MQ=255) taAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAac < 2:2820588/91‑1 (MQ=255) taAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAac < 2:916327/91‑1 (MQ=255) taAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAac < 1:2987514/91‑1 (MQ=255) aaGCCAGCAGCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAaca < 1:3713280/91‑1 (MQ=255) aGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAacac < 1:3666377/91‑1 (MQ=255) aGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAacac < 2:1876454/91‑1 (MQ=255) aGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAacac < 2:2589740/91‑1 (MQ=255) gCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACt > 1:2080361/1‑91 (MQ=255) ccAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAaca < 2:2877586/88‑1 (MQ=255) ccAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTg < 2:1093887/91‑1 (MQ=255) gCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGtt > 1:2895942/1‑91 (MQ=255) aTCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTtag > 1:972208/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTtagta > 1:906716/1‑91 (MQ=255) gAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTtagtag > 1:2681381/1‑91 (MQ=255) gAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTtagtag > 2:3270981/1‑91 (MQ=255) 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tactGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAt < 2:2344708/91‑1 (MQ=255) tactGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTACAGAAATGCAAAATGAt > 2:3709483/1‑91 (MQ=255) actGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGAtt < 1:2011312/91‑1 (MQ=255) ctGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTg < 2:63688/91‑1 (MQ=255) ctGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTg < 1:1312035/91‑1 (MQ=255) ctGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTg > 2:1600899/1‑91 (MQ=255) | CTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGTGGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTG > CP000731/5689‑5869 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |