| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 970,690 | T→C | 11.5% | intergenic (+36/‑293) | USA300HOU_RS04805 → / → USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 970,690 | 0 | T | C | 11.5% | 680.9 / 61.6 | 243 | intergenic (+36/‑293) | USA300HOU_RS04805/USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (133/82); new base C (13/15); total (146/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
AGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGTTTTTTCTTGCTTTTCTAAAAAGGTGTTAAAGATAAATTATTTATAATGTTACCATTTTGAGATGAAAGTGAAATATTGATA > USA300TCH1516_ALE/970600‑970779 | aGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGAt > 2:3143837/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTg < 1:3281342/91‑1 (MQ=255) aaGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGtt > 2:2245337/1‑91 (MQ=255) gTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACGACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAATCTATATAAAGACTGGTTAg < 1:3108633/91‑1 (MQ=37) tGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGt > 2:3784894/1‑91 (MQ=255) gACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGtt > 1:1416446/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |