| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,032,588 | G→T | 5.1% | intergenic (+61/+118) | yfkN_2 → / ← USA300TCH1516_00957 | Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,032,588 | 0 | G | T | 5.1% | 806.0 / 20.1 | 232 | intergenic (+61/+118) | yfkN_2/USA300TCH1516_00957 | Trifunctional nucleotide phosphoesterase protein YfkN/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/115); new base T (8/4); total (113/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GTGATAATTTTATAGTTAAAAACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGAGAAGATTATCTAGGAAAGGTTTTTAGAATTTTAAAATTGATATAAAAGAACAGTGAAATTCTCATTCATTATATATAAGTAAACAAAAAAGCT > USA300TCH1516_ALE/1032499‑1032677 | gTGATAATTTTATAGTTAAACACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGagaaga > 1:88480/1‑91 (MQ=255)gTGATAATTTTATAGTTAAAAACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGagaaga < 2:695475/91‑1 (MQ=255)gTGATAATTTTATAGTTAAAAACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGagaaga < 2:2705154/91‑1 (MQ=255) tGATAATTTTATAGTTAAAAACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGAGAAGAt > 1:3675062/1‑91 (MQ=255) gATAATTTTATAGTTAAAAACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGAGAAGAtt < 1:1771725/91‑1 (MQ=255) tAATTTTATAGTTAAAAACAGGTAAATATTGCTATGTAATAAATTAATTATAAGTTCAACAAGTATAAAAACCTTTCTTAGAGAAGATTAt < 1:3562984/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |