| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,044,680 | A→C | 9.5% | intergenic (+29/+17) | yfmC_1 → / ← USA300HOU_RS05165 | Fe(3+)‑citrate‑binding protein YfmC/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,044,680 | 0 | A | C | 9.5% | 769.4 / 53.1 | 238 | intergenic (+29/+17) | yfmC_1/USA300HOU_RS05165 | Fe(3+)‑citrate‑binding protein YfmC/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/99); new base C (11/12); total (127/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GGATTATCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAAC > USA300TCH1516_ALE/1044590‑1044770 | ggATTATCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATaa > 1:1272041/1‑91 (MQ=255) aTTATCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAaga < 2:882543/91‑1 (MQ=255) aTCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGAAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTg < 2:2454386/91‑1 (MQ=255) tCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTgg > 2:2208438/1‑91 (MQ=255) tCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTgg < 2:2339811/91‑1 (MQ=255) cGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGgc > 1:614609/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |