| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,044,685 | G→A | 9.1% | intergenic (+34/+12) | yfmC_1 → / ← USA300HOU_RS05165 | Fe(3+)‑citrate‑binding protein YfmC/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,044,685 | 0 | G | A | 9.1% | 755.9 / 35.7 | 244 | intergenic (+34/+12) | yfmC_1/USA300HOU_RS05165 | Fe(3+)‑citrate‑binding protein YfmC/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/100); new base A (12/11); total (133/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
ATCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGACA > USA300TCH1516_ALE/1044595‑1044775 | aTCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGAAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTg < 2:2454386/91‑1 (MQ=255) tCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTgg > 2:2208438/1‑91 (MQ=255) tCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTgg > 1:2878686/1‑91 (MQ=255) cGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGgc > 1:614609/1‑91 (MQ=255) cGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGgc > 1:1780156/1‑91 (MQ=255) gCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGgcg < 1:858864/91‑1 (MQ=255) gCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGgcg > 2:941040/1‑91 (MQ=255) gCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGgcg < 2:2683015/91‑1 (MQ=255) aaatGAAAATAGAGCATAAGATTTAGAAAAAATTGAAGAAAAAAAAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCt < 2:3509642/88‑1 (MQ=255) aaGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCt < 1:3526952/91‑1 (MQ=255) aGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTg > 2:2970441/1‑91 (MQ=255) aGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTg > 2:3431937/1‑91 (MQ=255) gTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGt < 2:836467/91‑1 (MQ=17) gTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGt < 2:122784/91‑1 (MQ=17) gAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTAt > 1:317578/1‑91 (MQ=255) gAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTAt < 1:3201735/91‑1 (MQ=17) gAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTAt < 2:1904527/91‑1 (MQ=17) aaaGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTAtt > 2:417814/1‑91 (MQ=255) aGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTAtttt > 1:1664090/1‑91 (MQ=255) aGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTAtttt < 2:2076859/91‑1 (MQ=17) aGTATGGAAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTAtttt < 2:3106545/91‑1 (MQ=255) gTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTAttttt < 1:797667/91‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAAt > 2:2314976/1‑91 (MQ=255) tGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAAt > 1:2021175/1‑91 (MQ=255) tGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATTTTTatt < 1:2396622/91‑3 (MQ=14) ggCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAAtt < 1:120030/91‑1 (MQ=255) cAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTAt > 1:1576102/1‑91 (MQ=255) agaagaTTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGCAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATg > 2:3063344/1‑91 (MQ=255) gaTTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTtta < 1:1460790/91‑1 (MQ=255) aTTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTttat > 2:3867494/1‑91 (MQ=255) aTTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTttat < 1:3331038/91‑1 (MQ=255) tttAGAAAAAATTGCAGATAAAGCAGGTTAAAAATACAGTGCTACTCGTAAATCATAGAAGTGTGGCGCTGTAATTTTCATTATGTttatt > 2:1523630/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAACTAAAAATCCAGCGCTACTCGTAAATCATACAAGAGTGGCGCTGTCTTTCTAATTATGTCtatgat > 2:3277029/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTtattat < 1:3056194/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTtattat < 1:50221/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTtattat < 1:999321/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTtattat > 2:280505/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTtattat > 1:1090474/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATc < 2:1019987/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATc > 2:1009729/1‑91 (MQ=255) gAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCt < 2:3738408/91‑1 (MQ=255) aaaaaaTTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTg > 1:1851125/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTg < 1:1002222/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATAATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGCTTATTATCTGTc > 1:1118615/1‑91 (MQ=255) aaTTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCgg < 2:826640/91‑1 (MQ=255) aaTTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCgg < 1:1321493/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGa < 1:1726087/91‑1 (MQ=255) tGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCATAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtg < 2:2239220/91‑1 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg > 1:1072183/1‑91 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg > 2:20002/1‑91 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg > 2:582500/1‑91 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg > 2:1706683/1‑91 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg > 1:3450503/1‑91 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg < 1:3656924/91‑1 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg < 1:3594039/91‑1 (MQ=255) cAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGAtgtg > 1:23701/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGtgat > 1:2634149/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGtgat < 1:520091/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTgatgat < 1:2238579/91‑1 (MQ=255) cAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTAc > 1:1535134/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTAc > 2:1837850/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaataCAGTGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTGTTATCTGTCGGATGTGATGATTTAcc > 1:1487927/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTAcc > 1:2655127/1‑91 (MQ=255) aaaataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTAcc < 1:3801/91‑1 (MQ=255) aattaaaaataCAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCt > 1:2957015/4‑91 (MQ=11) aaataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCt > 2:3697686/1‑91 (MQ=255) aaataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCt > 1:3379387/1‑91 (MQ=255) aataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTg > 2:1746171/1‑91 (MQ=255) aataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTg > 2:1955016/1‑91 (MQ=255) aataaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTg > 2:2894173/1‑91 (MQ=255) ttaaaaataCAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGa > 2:456600/2‑91 (MQ=17) aaaaataCAGCGTTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGaaa < 2:2567048/91‑1 (MQ=255) aaaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGaaa < 2:3230649/91‑1 (MQ=255) aaaaataCAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGaaa > 2:2860290/1‑91 (MQ=14) aaaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAg < 1:3086149/91‑1 (MQ=255) aaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGt < 1:779190/91‑1 (MQ=255) aaataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCAGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGt > 2:2052248/1‑91 (MQ=255) aataCAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGtt > 1:2767901/1‑91 (MQ=255) taCAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTa > 1:1824279/1‑91 (MQ=17) taCAGCGCCACTCTTATATGATTTACGAGTAGCGCTGTATATTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGGTGTGATGATTTACCTGAAAGTTTa > 2:3597761/1‑91 (MQ=17) gcgcTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTc < 2:519468/91‑1 (MQ=255) gcTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGa < 1:923581/91‑1 (MQ=255) tACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAAt > 2:1380495/1‑91 (MQ=255) tACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAAt < 1:2894173/91‑1 (MQ=255) tCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATaaa > 2:1683994/1‑91 (MQ=255) tAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAAttt > 1:348880/1‑91 (MQ=255) tAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAAttt < 1:228938/91‑1 (MQ=255) aaaTCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTa > 1:3569653/1‑91 (MQ=255) aaaTCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTa > 1:3567971/1‑91 (MQ=255) aaTCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTaa < 2:1211267/91‑1 (MQ=255) atatAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTAc < 2:1607942/91‑1 (MQ=255) atatAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTAc < 2:1173596/91‑1 (MQ=255) aaGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATaa > 2:1586425/1‑91 (MQ=255) agagTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAAc > 2:1407299/1‑91 (MQ=255) gagTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAAcc < 1:417814/91‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGa > 2:2413531/1‑91 (MQ=255) tGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGAc > 2:1573301/1‑91 (MQ=255) tGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGAc < 1:3877663/91‑1 (MQ=255) ggCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGACa < 1:60250/91‑1 (MQ=255) ggCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGACa > 1:3417628/1‑91 (MQ=255) | ATCGCAAGTGAAAGTATGGCAGAAGATTTAGAAAAAATTGCAGAAAAAGCAAAATAAAAATACAGCGCTACTCGTAAATCATATAAGAGTGGCGCTGTATTTTTAATTATGTTTATTATCTGTCGGATGTGATGATTTACCTGAAAGTTTATTTCGAATAAATTTAATTACATAACCGACA > USA300TCH1516_ALE/1044595‑1044775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |