| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,049,714 | A→C | 5.3% | M458L (ATG→CTG) | menD → | 2‑succinyl‑5‑enolpyruvyl‑6‑hydroxy‑3‑ cyclohexene‑1‑carboxylate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,049,714 | 0 | A | C | 5.3% | 646.0 / 23.3 | 190 | M458L (ATG→CTG) | menD | 2‑succinyl‑5‑enolpyruvyl‑6‑hydroxy‑3‑ cyclohexene‑1‑carboxylate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/79); new base C (4/6); total (105/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GTGCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACGGTTGT > USA300TCH1516_ALE/1049624‑1049804 | gtgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGa > 1:44259/1‑91 (MQ=255)gtgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGa > 1:547242/1‑91 (MQ=255)gtgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGa < 2:1990186/91‑1 (MQ=255) tgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGac > 2:3847037/1‑90 (MQ=255) gCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATg > 2:2080263/1‑91 (MQ=255) tAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAat < 1:611250/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |