| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,107,402 | T→C | 12.7% | intergenic (+37/‑131) | pdhD → / → USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,107,402 | 0 | T | C | 12.7% | 648.6 / 75.5 | 243 | intergenic (+37/‑131) | pdhD/USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/104); new base C (5/26); total (113/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
ATGACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGCTTTTTTGTTTTAGGTAAAGTAATGTAAGGAAATTGATTTGAGATATCGTTAACATGTGACATGCATGTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1107312‑1107492 | aTGACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCt < 2:2497088/91‑1 (MQ=255) tGACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTg < 2:3040390/91‑1 (MQ=255) tGACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTg < 1:2824412/91‑1 (MQ=255) gACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGt < 2:1113756/91‑1 (MQ=255) aCTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTa > 1:2402331/1‑91 (MQ=255) cTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAg < 1:1244176/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |