| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,107,417 | G→A | 9.1% | intergenic (+52/‑116) | pdhD → / → USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,107,417 | 0 | G | A | 9.1% | 661.7 / 40.8 | 219 | intergenic (+52/‑116) | pdhD/USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (103/95); new base A (15/5); total (118/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACGGCTTTTTTGTTTTAGGTAAAGTAATGTAAGGAAATTGATTTGAGATATCGTTAACATGTGACATGCATGTTATACTAGCGATGCTAACAA > USA300TCH1516_ALE/1107327‑1107507 | gcagAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACg > 1:3564615/1‑91 (MQ=255) cagAAAAAGCTATCGGATACCCGATCCATACAATGTAATAACTGATTATGTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACgg < 2:2949526/91‑1 (MQ=255) cagAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACgg > 1:84653/1‑91 (MQ=255) cagAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACgg < 1:1553468/91‑1 (MQ=255) cagAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACgg < 2:3179561/91‑1 (MQ=255) agAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATT‑AAAAGCTGTAGCATATGCTACGGc < 1:1529764/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |