| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,128,680 | T→A | 5.8% | Y286N (TAT→AAT) | ctaB2 → | Protoheme IX farnesyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,128,680 | 0 | T | A | 5.8% | 815.0 / 24.4 | 240 | Y286N (TAT→AAT) | ctaB2 | Protoheme IX farnesyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/115); new base A (7/7); total (118/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TTAGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAATTATTTAGTGATCTTTTTCGTGTTAGCTGTGATTGTTTCATTACTTACTTTGATCTAGATTAATTAAGTTAGGATGAAAAATATGGGCGTT > USA300TCH1516_ALE/1128590‑1128769 | ttAGGATAGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAatt < 1:1937435/91‑1 (MQ=255) aGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAattat < 2:735266/91‑1 (MQ=255) aGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAattat < 1:3258940/91‑1 (MQ=255) aGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAattat < 2:3339492/91‑1 (MQ=255) ggatggatTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAattatt > 2:277914/1‑91 (MQ=255) gatggatTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAATTAttt > 2:56212/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |