| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,155,991 | G→C | 8.0% | intergenic (+167/‑6) | mutS2 → / → trxA_2 | Endonuclease MutS2/Thioredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,155,991 | 0 | G | C | 8.0% | 808.8 / 49.0 | 237 | intergenic (+167/‑6) | mutS2/trxA_2 | Endonuclease MutS2/Thioredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/106); new base C (2/17); total (114/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |