Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,156,337 | T→A | 6.6% | intergenic (+26/‑298) | trxA_2 → / → uvrC | Thioredoxin/UvrABC system protein C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,156,337 | 0 | T | A | 6.6% | 909.0 / 37.5 | 268 | intergenic (+26/‑298) | trxA_2/uvrC | Thioredoxin/UvrABC system protein C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (139/111); new base A (6/12); total (145/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TTGATAAAGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGG > USA300TCH1516_ALE/1156247‑1156427 | tGATAAAGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCAtt < 2:1448772/91‑1 (MQ=255) gATAAAGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCAttt > 2:2229995/1‑91 (MQ=255) aTAAAGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTc > 2:905448/1‑91 (MQ=255) aaGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGACGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCttt > 1:1214569/1‑91 (MQ=255) aaGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCttt > 1:2736651/1‑91 (MQ=255) aGTTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTa > 1:2943514/1‑91 (MQ=255) 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caaAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGttt > 2:1584275/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGtttt > 2:3316208/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAAGTGCTCCAGtttt < 1:2996449/91‑1 (MQ=255) gAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgtt < 2:1198997/91‑1 (MQ=255) gAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACAGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgtg > 2:3841899/1‑90 (MQ=255) aaaCTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgtttg > 1:3228535/1‑91 (MQ=255) aCTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgttt < 1:842766/88‑1 (MQ=255) aCTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgttt > 2:842783/1‑88 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |