| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,156,346 | T→A | 5.8% | intergenic (+35/‑289) | trxA_2 → / → uvrC | Thioredoxin/UvrABC system protein C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,156,346 | 0 | T | A | 5.8% | 891.1 / 30.6 | 260 | intergenic (+35/‑289) | trxA_2/uvrC | Thioredoxin/UvrABC system protein C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/111); new base A (6/9); total (140/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TTGTTGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGATTAA > USA300TCH1516_ALE/1156256‑1156436 | ttgttgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAAt > 2:2296017/1‑91 (MQ=255) tgttgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATg < 2:407925/91‑1 (MQ=255) ttgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGaa > 1:1547981/1‑91 (MQ=255) ttgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGaa > 1:3244768/1‑91 (MQ=255) tgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTATAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAAt > 1:1000155/1‑91 (MQ=255) tgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTTAGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAAt > 2:1716107/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |