Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,156,350 | T→A | 5.1% | intergenic (+39/‑285) | trxA_2 → / → uvrC | Thioredoxin/UvrABC system protein C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,156,350 | 0 | T | A | 5.1% | 844.0 / 23.0 | 250 | intergenic (+39/‑285) | trxA_2/uvrC | Thioredoxin/UvrABC system protein C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/110); new base A (6/7); total (132/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGATTAATAAA > USA300TCH1516_ALE/1156260‑1156440 | tgGTTTCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTATAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAAt > 1:1000155/1‑91 (MQ=255) gTTTCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGAGCAATTCATTAAAGAAATg < 1:22102/91‑1 (MQ=38) tttCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGAGCAATTCATTAAAGAAATGc < 1:1718732/91‑1 (MQ=37) ttCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCt > 2:2193587/1‑91 (MQ=255) tCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTc < 1:2330600/91‑1 (MQ=255) tCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTc > 1:90092/1‑91 (MQ=255) gaaaccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTcc > 1:1541831/3‑91 (MQ=255) gaaaccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTcc > 2:2909970/3‑91 (MQ=255) gaaaccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTcc > 1:620469/3‑91 (MQ=255) gaaaccaaAAGAAAACGT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGATcc > 2:2344283/3‑91 (MQ=255) ccaaccatAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTcc < 1:1941950/91‑1 (MQ=255) ccaaccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTcc < 1:1615981/91‑1 (MQ=255) ccaaccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGCTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTcc < 2:3002687/91‑1 (MQ=255) caaccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGATTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCa < 1:3619718/91‑1 (MQ=255) ccaaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGtt < 2:2654556/91‑1 (MQ=255) caaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGttt > 2:1584182/1‑91 (MQ=255) caaAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGttt > 1:2786367/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGtttt < 1:1434258/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGtttt > 1:540442/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGtttt > 2:3316208/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGtttt > 2:1170630/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAAGTGCTCCAGtttt < 1:2996449/91‑1 (MQ=255) taaaaCTTCAGCT‑AAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgtt > 2:2478958/2‑91 (MQ=255) aaaCTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgtttg > 1:3228535/1‑91 (MQ=255) aaaCTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgtttg < 2:1611850/91‑1 (MQ=255) aaCTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTttgtttgt > 2:2078646/1‑91 (MQ=255) aCTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgttt > 2:842783/1‑88 (MQ=255) aCTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTtgtg > 1:3377500/1‑91 (MQ=255) cTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTgtgt < 1:2881149/91‑1 (MQ=255) aGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGtttt > 1:2529899/1‑91 (MQ=255) gCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGttttt < 2:812895/91‑1 (MQ=255) cTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTa > 1:1093850/1‑91 (MQ=255) tGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTaa < 1:806267/91‑1 (MQ=255) tGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTaa < 1:3350726/91‑1 (MQ=255) gAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAat > 1:2944950/1‑91 (MQ=255) gAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAat > 1:3403073/1‑91 (MQ=255) aGTTTTAGATATACATTTATAATGTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGATTTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAatat < 2:2960562/91‑1 (MQ=255) tttAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATaaa < 2:2820799/91‑1 (MQ=255) tAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGCCTTGCTCCAGTTTTTGTTCGTGTTTTTAATCTacaaa > 1:1671571/1‑91 (MQ=255) aGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTtttgt > 2:1708834/1‑70 (MQ=255) aGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAg > 1:2710636/1‑91 (MQ=255) aGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAg > 2:2528246/1‑91 (MQ=255) gATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGt > 1:2585780/1‑91 (MQ=255) aTAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGtt > 2:1868832/1‑91 (MQ=255) cATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATg < 2:400844/91‑1 (MQ=255) tttATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGAt > 2:3818418/1‑91 (MQ=255) ttATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATa > 1:2457775/1‑91 (MQ=255) ttATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATa > 2:2866349/1‑91 (MQ=255) tataAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATGAAAAGTTGAATGATaa > 2:3700072/1‑91 (MQ=255) tataAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATaa < 1:1140733/91‑1 (MQ=255) tataAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATaa > 1:385862/1‑91 (MQ=255) tataAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCACCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATaa > 1:2384010/1‑91 (MQ=255) taAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGt < 2:3408675/91‑1 (MQ=255) taAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGt > 2:1358420/1‑91 (MQ=255) taAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGt < 2:622797/91‑1 (MQ=255) aaGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtc > 2:2150614/1‑91 (MQ=255) aaGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtc > 1:319628/1‑91 (MQ=255) aGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtca < 1:1608001/91‑1 (MQ=255) aGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtca < 2:2049711/91‑1 (MQ=255) aGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtca < 1:345404/91‑1 (MQ=255) gTTACAACCGATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtcat < 1:3716073/91‑1 (MQ=255) gTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtcat < 2:2759511/91‑1 (MQ=255) gTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtcat > 1:1051626/1‑91 (MQ=255) ttACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtcatc > 1:2416325/1‑91 (MQ=255) tACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCGGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtcatca < 1:3878334/91‑1 (MQ=255) tACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGtcatca < 1:3316208/91‑1 (MQ=255) aaCCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCatat > 2:793173/1‑91 (MQ=255) aaCCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCatat > 2:3455054/1‑91 (MQ=255) aaCCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTCGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCatat > 2:351976/1‑91 (MQ=255) aCCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATAtt > 2:3835966/1‑91 (MQ=255) ccAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTg > 1:993179/1‑91 (MQ=255) aTGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGttt < 1:1282607/91‑1 (MQ=255) aTGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGttt > 2:38915/1‑91 (MQ=255) gacgacTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTAc > 1:261866/1‑91 (MQ=255) aaaacTGGAGCAATTCATTAAAGAAATGCCCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACg > 1:140493/4‑91 (MQ=21) acTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACt > 1:909835/1‑91 (MQ=255) acTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACt > 2:2281887/1‑91 (MQ=255) acTGGAGCAATTCATTAAAGAAATGCCCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACt > 1:2447508/1‑91 (MQ=25) cTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACtt < 2:2390563/91‑1 (MQ=255) cTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACtt > 2:1753646/1‑91 (MQ=255) cTGGAGCAATTCATTAAAGAAATGCCCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACtt > 2:338215/1‑91 (MQ=25) ggggCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTga < 2:921092/91‑1 (MQ=255) ggggCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATAT‑AAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTgag > 2:2676371/1‑91 (MQ=255) ggggCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTGGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTga < 2:1239541/91‑1 (MQ=255) ggCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTgaga < 1:3048238/91‑1 (MQ=255) gCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGaa > 2:333477/1‑91 (MQ=255) gCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGaa > 2:1386504/1‑91 (MQ=255) gCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGaa > 1:862805/1‑91 (MQ=255) cATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAAt < 1:81285/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAAtg < 2:2849895/91‑1 (MQ=255) tttCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAAtgg > 2:3653036/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAAtggt < 1:1193599/91‑1 (MQ=255) tttAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTggg > 1:936072/1‑91 (MQ=255) ttAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGaa > 1:702414/1‑83 (MQ=255) ttAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGa < 1:2143958/91‑1 (MQ=255) ttAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGa < 1:1639585/91‑1 (MQ=255) ttAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGa < 2:105105/91‑1 (MQ=255) tAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGAt > 2:579989/1‑91 (MQ=255) tAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAAGGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGAt < 1:3365240/91‑1 (MQ=255) tGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATTAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGATtaa < 1:1893139/91‑1 (MQ=255) | TGGTTTCCAACCAAAAGAAAACTT‑AGCTGAAGTTTTAGATAAACATTTATAAGTTACAACCAATGACGACTGGGGCATTTCTTTAATGAATTGCTCCAGTTTTTGTTTGTGTTTTTAATATAAAAAGTTGAATGATAAGTCATCATATTGTTTACGACTTGAGAATGGTGGGATTAATAAA > USA300TCH1516_ALE/1156260‑1156440 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |