| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,177,496 | T→G | 5.1% | intergenic (+15/‑157) | arcC1_2 → / → USA300HOU_RS05870 | Carbamate kinase 1/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,177,496 | 0 | T | G | 5.1% | 738.8 / 26.8 | 218 | intergenic (+15/‑157) | arcC1_2/USA300HOU_RS05870 | Carbamate kinase 1/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/106); new base G (8/3); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AAGTGTGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCTTTTCAATTACTATATGTCAAATGCATGATTTTTATTATTTATGTGCACCCCCTGAAAATAATGCCTCTATTTTGATGCGGGGTGCACTTT > USA300TCH1516_ALE/1177406‑1177586 | aGTGTGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCtt > 2:1753907/1‑91 (MQ=255) gtgtGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCttt > 1:412995/1‑91 (MQ=255) gtgtGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCttt < 1:2893828/91‑1 (MQ=255) gtgtGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCttt < 1:2616571/91‑1 (MQ=255) gtgtGCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCttt < 1:154045/91‑1 (MQ=255) tgtgCTTATAACATCATTAAATGAATTAGATGCTGCCTTAGAGGGTAAAGTAGGTACTGTGATTAAAAAGTAATTGAATTGAAACGCtttt > 1:828350/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |