Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,239,562 | A→G | 7.9% | intergenic (+29/‑161) | USA300HOU_RS06160 → / → recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,239,562 | 0 | A | G | 7.9% | 725.2 / 34.1 | 235 | intergenic (+29/‑161) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/99); new base G (9/10); total (126/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TAGAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTC > USA300TCH1516_ALE/1239472‑1239651 | gAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATaaa > 1:1295800/1‑91 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:3042142/1‑91 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:14538/1‑91 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:1616792/1‑91 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTATTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATGAatc < 1:3070944/91‑1 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATATCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:3184506/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |