Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,239,564 | 0 | A | T | 7.7% | 737.5 / 36.8 | 226 | intergenic (+31/‑159) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (110/98); new base T (9/9); total (119/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAAC > USA300TCH1516_ALE/1239474‑1239654 | gAAGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATaaa > 2:3063259/1‑91 (MQ=255) tgTGGAAGTTCATGAAGATTGACAACCAATCTATCAATATTTCTTTTCAGAAAAACAAAAATTTAAAATAAATACATCCCCA‑TGATAAatc > 2:3042023/2‑91 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:1616792/1‑91 (MQ=255) aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTATTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATGAatc < 1:3070944/91‑1 (MQ=255) gTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatca < 2:1837036/91‑1 (MQ=255) aaGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAg > 2:3480544/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |