| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,239,566 | C→T | 7.8% | intergenic (+33/‑157) | USA300HOU_RS06160 → / → recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,239,566 | 0 | C | T | 7.8% | 733.5 / 31.1 | 227 | intergenic (+33/‑157) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/99); new base T (9/9); total (119/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
AGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTT > USA300TCH1516_ALE/1239476‑1239656 | aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:3042142/1‑91 (MQ=255)aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 1:711325/1‑91 (MQ=255)aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:14538/1‑91 (MQ=255)aGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAatc > 2:1616792/1‑91 (MQ=255) aaGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAg > 2:1906368/1‑91 (MQ=255) aGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGt > 1:3171533/1‑91 (MQ=255) gTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGtt < 2:1702709/91‑1 (MQ=255) gTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGtt > 2:2126667/1‑91 (MQ=255) tCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTgg < 1:1450705/91‑1 (MQ=255) cATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGt > 2:3041361/1‑91 (MQ=255) aTGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTa > 1:3807260/1‑91 (MQ=255) aTGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTa > 2:536903/1‑91 (MQ=255) aTGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTa > 1:293052/1‑91 (MQ=255) aTGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTa > 1:2522200/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGt < 2:2494804/91‑1 (MQ=255) gAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGt < 1:1268199/91‑1 (MQ=255) aaGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGtt < 1:2565319/91‑1 (MQ=21) aaGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtt > 1:996159/1‑91 (MQ=255) ggTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtttt < 2:1880289/91‑1 (MQ=255) ggTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGCAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtttt > 2:3396286/1‑91 (MQ=255) ttGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGttttt < 2:3853740/90‑1 (MQ=18) gTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGttttt < 2:321157/91‑1 (MQ=255) tGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtttttt > 1:62901/1‑91 (MQ=255) gACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTAt < 2:2634454/91‑1 (MQ=18) aCAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTAtt < 1:1072607/91‑1 (MQ=17) aaCCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTAtttt < 1:1594614/91‑1 (MQ=255) aCCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTAtttta < 2:2739780/91‑2 (MQ=17) aCCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTg < 1:962872/91‑1 (MQ=255) ccAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGc < 1:968107/91‑1 (MQ=255) ccAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGc > 1:3334634/1‑91 (MQ=255) ccAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGc < 2:3342831/91‑1 (MQ=255) cAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCt < 2:1791674/91‑1 (MQ=255) aaTTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTa > 2:1735672/1‑91 (MQ=255) tttATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTAtt < 2:3276818/91‑1 (MQ=255) aTCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTa > 1:3462370/1‑91 (MQ=255) cAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTTCTATTTTAGt > 2:2595991/1‑91 (MQ=255) cAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGt > 1:219229/1‑91 (MQ=255) cAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGt < 2:826824/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg < 1:2934297/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg < 1:573887/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg > 1:2775223/1‑91 (MQ=255) tatTTCTTTTCAGTAGAATAAAGATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTATTTTATTTTGCTATTTTAGTGat < 2:3512055/91‑1 (MQ=255) tCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTg > 2:3492851/1‑91 (MQ=255) tCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTg > 1:3471070/1‑91 (MQ=255) tCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTg > 1:185153/1‑91 (MQ=255) ttttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCg > 1:544064/1‑91 (MQ=255) tttCAGTAGAATAAAAGTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGctg < 2:3712769/91‑3 (MQ=255) tttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCgg > 2:477638/1‑91 (MQ=255) ttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCggg > 1:3696421/1‑91 (MQ=255) ttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCggg < 2:2585099/91‑1 (MQ=255) tCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGt < 1:3266353/91‑1 (MQ=255) gTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaa > 2:2008079/1‑91 (MQ=255) aGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaaaa > 1:1960384/1‑91 (MQ=255) aGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaaaa < 2:2047336/91‑1 (MQ=255) aGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaaaa < 2:2314266/91‑1 (MQ=255) gAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAg > 1:2265623/1‑91 (MQ=255) tAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTAt < 1:3380951/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATc < 2:119237/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATc < 1:2685235/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATc < 1:2474201/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCg > 2:364143/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCg > 1:341898/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGt > 1:3143263/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGt < 1:3736419/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGtt > 2:926744/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGtt < 2:2009361/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCCGGCTAAAAGTATCGtt > 2:2976825/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTtct > 2:3107932/1‑91 (MQ=255) aaataaaaAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAg > 2:2364634/1‑91 (MQ=255) aataaaaAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGt > 2:1875402/1‑91 (MQ=255) ataaaaAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGtt < 1:1722802/91‑1 (MQ=255) aaaaaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCt > 1:457647/1‑91 (MQ=255) aaaaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTa > 1:2034142/1‑91 (MQ=255) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 1:3657240/1‑91 (MQ=18) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 1:3142961/1‑91 (MQ=18) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 1:1645083/1‑91 (MQ=21) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 2:2303288/1‑91 (MQ=18) aaaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa < 2:86586/91‑1 (MQ=255) aaaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 2:276254/1‑91 (MQ=255) aaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAAc > 1:419838/1‑91 (MQ=255) aaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAAc > 1:1713417/1‑91 (MQ=255) aaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAAc > 1:761564/1‑91 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa > 2:115424/1‑91 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa < 1:2769600/91‑1 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa < 1:3214498/91‑1 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 2:2847506/1‑91 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 2:164844/1‑91 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 1:3253683/1‑91 (MQ=255) tgccAA‑TGATAAATCATCAGTTGGGAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGTTATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAAt < 2:3599512/89‑1 (MQ=255) aCCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGATCAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATg > 1:3107108/1‑91 (MQ=255) tGATAAATCGTCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTCCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATg > 2:3805866/1‑91 (MQ=255) tGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATg < 1:1882178/91‑1 (MQ=255) aTAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGtt < 2:2672053/91‑1 (MQ=255) aTAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGtt < 2:1380683/91‑1 (MQ=255) tAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTc < 2:130295/91‑1 (MQ=255) aaTCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCaa < 1:1188027/91‑1 (MQ=255) aaTCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCaa > 2:2405017/1‑91 (MQ=255) atcatcAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAAc > 1:434649/1‑91 (MQ=255) tcatcaGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACt > 2:441807/1‑91 (MQ=255) catcaGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACtt > 1:658615/1‑91 (MQ=255) | AGTGGAAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTT > USA300TCH1516_ALE/1239476‑1239656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |