| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,245,345 | A→T | 7.0% | intergenic (+150/‑93) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,245,345 | 0 | A | T | 7.0% | 855.4 / 36.5 | 252 | intergenic (+150/‑93) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/115); new base T (8/10); total (127/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAATC > USA300TCH1516_ALE/1245255‑1245434 | cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 1:3402723/1‑91 (MQ=255)cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa < 1:1175897/91‑1 (MQ=255)cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 1:1300840/1‑91 (MQ=255) tGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATaa > 2:1314277/1‑91 (MQ=255) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 1:3345013/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 2:216408/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgt > 1:2737842/1‑91 (MQ=255) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgtg < 2:253774/91‑1 (MQ=255) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgtg > 1:2821235/1‑91 (MQ=255) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgtg < 2:253877/91‑1 (MQ=255) gTCAACTTTGCGGTGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 2:2180464/1‑91 (MQ=255) gTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc < 2:2290159/91‑1 (MQ=255) gTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 2:3035625/1‑91 (MQ=255) gTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc < 2:1476988/91‑1 (MQ=255) tCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCt < 1:348794/91‑1 (MQ=255) cAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTa > 2:2405053/1‑91 (MQ=255) cAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTa > 2:3320879/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaa > 2:345303/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaa > 1:1861662/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaa > 2:1879186/1‑91 (MQ=255) aCTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaa < 1:3835428/91‑1 (MQ=255) cTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaaa > 1:3077831/1‑91 (MQ=255) cTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaaa > 2:3147606/1‑91 (MQ=255) tGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAttt > 1:2454557/1‑91 (MQ=255) gCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTc < 1:2072691/91‑1 (MQ=255) gCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTc < 1:1607353/91‑1 (MQ=255) gggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTa < 2:3230808/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 1:1092967/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:2768933/91‑1 (MQ=255) gAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTg > 1:588004/1‑91 (MQ=255) gAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTg < 1:1547382/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGt > 1:258194/1‑91 (MQ=255) aaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtt > 1:2313856/1‑91 (MQ=255) aTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAGTTCTACTTGttt < 1:2988048/91‑1 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt > 1:2828996/1‑91 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttttt > 2:653772/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa < 1:1713764/91‑1 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:1638890/91‑1 (MQ=255) cAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAt < 1:1770936/91‑1 (MQ=255) cAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAt < 1:2140303/91‑1 (MQ=255) aaCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAtt < 2:1121846/91‑1 (MQ=255) aaCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAtt < 2:2454557/91‑1 (MQ=255) aCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTACAATTTCTACTTGCTTTTTAGAAttt > 2:3722073/1‑91 (MQ=255) aCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAttt < 1:2003048/91‑1 (MQ=255) aCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAttt > 1:1084916/1‑91 (MQ=255) aCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAttt > 2:1677722/1‑91 (MQ=255) gATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt < 1:2692490/91‑1 (MQ=255) atctaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt > 1:1838559/5‑91 (MQ=255) tAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATgg < 2:1822715/91‑1 (MQ=255) aaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATggg < 1:54774/91‑1 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaa < 2:2895678/91‑1 (MQ=255) gTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaa > 1:864915/1‑91 (MQ=255) gTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaa > 2:1274233/1‑91 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 1:661957/91‑1 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa > 2:2126416/1‑91 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAACTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAata > 1:2886425/1‑91 (MQ=255) cAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAatat > 1:1384606/1‑91 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata < 1:1286499/91‑1 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata > 1:3103993/1‑91 (MQ=255) gAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATTAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtag < 2:2774078/91‑1 (MQ=255) gAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtag < 2:1306852/91‑1 (MQ=255) gAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGGTTCTAAAATATCTACTTGTATTTGAGAATTTAAAATGGGAAAATAtag > 2:3612181/1‑91 (MQ=255) tttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagtag < 2:497840/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAGATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 1:3616282/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 1:2334924/91‑1 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTAt > 1:2019174/1‑91 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTAt > 1:1401906/1‑91 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAACATCGTAGTCTAt > 2:266465/1‑91 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg > 2:2385548/1‑91 (MQ=255) ttaGAAACACTTATCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta > 2:696798/3‑91 (MQ=25) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta < 1:3147606/91‑1 (MQ=255) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta < 2:58998/91‑1 (MQ=255) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta < 1:1441082/91‑1 (MQ=255) aaGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGtat > 1:1923216/1‑91 (MQ=255) aGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGtata < 2:732481/91‑1 (MQ=255) aGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGtata < 2:1178440/91‑1 (MQ=255) gAAACACTTATCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg > 2:1278775/1‑91 (MQ=37) gAAACACTTATCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg > 2:1325297/1‑91 (MQ=37) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTATAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 2:3408535/1‑91 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt < 2:3059517/91‑1 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt < 2:25164/91‑1 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 1:1365571/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt < 1:3714078/91‑1 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt > 1:408375/1‑91 (MQ=255) ttaTCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCActtt > 2:2562169/3‑91 (MQ=38) tAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtttt > 2:2986109/1‑91 (MQ=255) tAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtttt < 1:2504965/91‑1 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt < 2:92710/91‑1 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt < 1:322600/91‑1 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt < 1:3188676/91‑1 (MQ=255) tCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGTATTTAATATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTaa > 2:19682/1‑91 (MQ=255) tCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTaa < 2:1380946/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAag < 2:1084916/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAag > 2:821955/1‑91 (MQ=255) tAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga > 2:3079479/1‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAaggagg > 1:69591/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGt > 1:2257069/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGt > 1:1152266/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTg < 1:786515/91‑1 (MQ=255) tGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGa < 2:1923216/91‑1 (MQ=255) | CTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAATC > USA300TCH1516_ALE/1245255‑1245434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |